Parallel Constrained Molecular Dynamics - Inria - Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique Accéder directement au contenu
Rapport (Rapport De Recherche) Année : 2000

Parallel Constrained Molecular Dynamics

Résumé

A Block version of the shake method for heavy atoms simulation in biological systems is presented in this paper. The method solves successively, independen- t blocks of constraints of small size by a Newton method. This algorithm is implemented in \tak, an efficient parallel molecular dynamics code. This method has been tested on a small system and on an ionic canal of 67671 atoms.
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Dates et versions

inria-00072786 , version 1 (24-05-2006)

Identifiants

  • HAL Id : inria-00072786 , version 1

Citer

Pierre-Eric Bernard, Olivier Coulaud. Parallel Constrained Molecular Dynamics. [Research Report] RR-3868, INRIA. 2000, pp.14. ⟨inria-00072786⟩
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