Intégration de données agricoles et environnementales à l’aide des technologies du Web sémantique - Inria - Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique Access content directly
Master Thesis Year : 2022

Integration of farming and environmental data thanks to Web semantic technologies

Intégration de données agricoles et environnementales à l’aide des technologies du Web sémantique

Abstract

The Deep Impact project is studying wheat and rapeseed crop yield depending on soil biodiversity and environmental conditions. This will generate lots of data. This internship aims to find a practical and efficient way to question this data. This will simplify biologists’ work. We have relied on data and results from an article, which was about microbial diversity and plant health to think of an ideal data scheme. We also retrieved a part of the Ncbi Taxonomy ontology, to link it to our data. After defining a data structure and constructing the corresponding dataset by modifying the originals files, by completing them or even by creating them entirely, we integrated these files on the AskOmics platform. This is on this platform that we were able to simply question our data. The different queries that we made showed that using AskOmics was ideal, both for the simplicity of the use as for the accuracy of the results we obtained. Then we created a library of queries and query models that we can easily reuse. All these queries can be used in other projects with agricultural data, as the Deep Impact project.
Dans le cadre du projet Deep Impact qui cherche à étudier le rendement des cultures de blé et de colza en fonction de la biodiversité du sol mais aussi des conditions environnementales, de nombreuses données vont être générées. Ce stage vise à trouver une manière pratique et efficace pour interroger ce genre de données, afin de simplifier le travail des biologistes. Nous nous sommes appuyés sur les résultats et les données d’un article traitant de la diversité microbienne et de la santé des plantes pour réfléchir à un schéma de données idéal. Nous avons aussi récupéré une partie de l’ontologie Ncbi Taxonomy afin de la lier à nos données. Après avoir défini une structure de données et avoir construit le jeu de données correspondant, en transformant les fichiers originaux, en les complétant et parfois même en les créant entièrement, nous avons intégré ces fichiers sur la plateforme AskOmics. C’est sur cette plateforme que nous avons pu interroger les données de façon simple. Les différentes requêtes effectuées ont montré que l’utilisation d’AskOmics était idéale, aussi bien au niveau de la simplicité d’utilisation que de la justesse des résultats obtenus. Nous avons alors créé une librairie de requêtes ainsi que des requêtes modèles, réutilisables facilement. Toutes ces requêtes pourront servir lors d’autres projets comprenant des données agricoles, comme le projet Deep Impact.
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Dates and versions

hal-03870109 , version 1 (24-11-2022)

Identifiers

  • HAL Id : hal-03870109 , version 1

Cite

Yael Tirlet. Intégration de données agricoles et environnementales à l’aide des technologies du Web sémantique. Bio-informatique [q-bio.QM]. 2022. ⟨hal-03870109⟩
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