Dans différents domaines, le besoin d'organiser et de structurer les données pour améliorer leur exploitation et leur diffusion monopolise de nombreuses équipes de recherche. Au cœur de ces travaux on trouve souvent une ressource terminologique ou ontologique (RTO) spécifique à une application dans le domaine considéré. Cependant la conception de cette RTO ignore trop souvent des données hétérogènes provenant de ressources spécifiques. Dans le domaine biomédical, il peut s'agir de rapports d'actes médicaux, de ressources bibliographiques, mais également de données biologiques issues de bases de données telles que GOA, Gene Ontology ou encore KEGG. Cet article présente un environnement intégré d'ingénierie ontologique expérimenté dans le domaine de la biologie. Son objectif principal est l'intégration de données hétérogènes dans le processus de conception d'une RTO spécifique à une application donnée. Cet environnement permet, grâce à une chaîne d'analyse et de traitement de données, de filtrer les concepts et relations pertinents pour cette application et de les présenter à l'utilisateur au travers d'une carte de connaissances avec laquelle il peut interagir via une interface personnalisable.