Interest of grammatical modelling to achieve pattern matching in genomic sequences
De l'intérêt des modèles grammaticaux pour la reconnaissance de motifs dans les séquences génomiques
Résumé
This thesis studies the interest to look for patterns in genomic sequences using grammars.
Since the 80s, work has shown that, in theory, high level grammars offer enough expressivity to allow
the description of complex biological patterns. In particular David Searls has proposed a new grammar
dedicated to biology : string variable grammar (SVG).
This formalism has resulted in Logol, a grammatical language and an analysis tool developed by Dyliss
team where this thesis is taking place. Logol is a language designed to be flexible enough to express a
wide range of biological patterns.
The fact that the grammars remain unknown to model biological patterns raises questions. Is the
grammatical formalism really relevant to the recognition of biological patterns ? This thesis attempts to
answer this question through an exploratory approach. We study the relevance of using the grammatical
patterns, by using Logol on six different applications of genomic pattern matching.
Through the practical resolution of biological problems, we have highlighted some features of grammatical
patterns. First, the use of grammatical models presents a cost in terms of performance. Second the
expressiveness of grammatical models covers a broad spectrum of biological patterns, unlike the others
alternatives, and some patterns modeled by grammars have no other alternative solutions. It also turns
out that for some complex patterns, such as those combining sequence and structure, the grammatical
approach is the most suitable.
Finally, a thesis conclusion is that there was no real competition between different approaches, but
rather everything to gain from successful cooperation.
Cette thèse en bioinformatique étudie l’intérêt de rechercher des motifs dans des séquences génomiques
à l’aide de grammaires.
Depuis les années 80, à l’initiative notamment de David Searls, des travaux ont montré qu’en théorie,
des grammaires de haut niveau offrent suffisamment d’expressivité pour permettre la description de
motifs biologiques complexes, notamment par le biais d’une nouvelle classe de grammaire dédiée à la
biologie : les grammaires à variables de chaîne (SVG, String Variable Grammar).
Ce formalisme a donné lieu à Logol, qui est un langage grammatical et un outil d’analyse développé
dans l’équipe Dyliss où a lieu cette thèse. Logol est un langage conçu pour être suffisamment flexible
pour se plier à une large gamme de motifs qu’il est possible de rencontrer en biologie.
Le fait que les grammaires restent inutilisée pour la reconnaissance de motifs pose question. Le formalisme
grammatical est-il vraiment pertinent pour modéliser des motifs biologiques ?
Cette thèse tente de répondre à cette question à travers une démarche exploratoire. Ainsi, nous étudions
la pertinence d’utiliser les modèles grammaticaux, via Logol, sur six applications différentes de
reconnaissance de motifs sur des génomes.
Au travers de la résolution concrète de problématiques biologiques, nous avons mis en évidence certaines
caractéristiques des modèles grammaticaux. Une de leurs limites est que leur utilisation présente un coût
en termes de performance. Un de leurs atouts est que leur expressivité couvre un large spectre des motifs
biologiques, contrairement aux méthodes alternatives, et d’ailleurs certains motifs modélisés par les
grammaires n’ont pas d’autres alternatives existantes. Il s’avère en particulier que pour certains motifs
complexes, tels que ceux alliant séquence et structure, l’approche grammaticale est la plus adaptée.
Pour finir, l’une des conclusions de cette thèse est qu’il n’y a pas réellement de compétition entre les
différentes approches, mais plutôt qu’il y a tout à gagner d’une coopération fructueuse.
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