Prédiction des Motifs de Phycobilines-lyases chez les cyanobactéries - Inria - Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique Accéder directement au contenu
Rapport Année : 2010

Prédiction des Motifs de Phycobilines-lyases chez les cyanobactéries

Résumé

Cyanobacteria are photosynthetic organisms which use sophisticated light-harvesting complexes called phycobilisomes to absorb light. The phycobilin-lyases are enzymes involved in phycobilisome biosynthesis. The goal of this training course was to characterize the pattern of each lyase family to help with the annotation of 20 strains of Synechococcus that will be sequenced before the end of 2010, in the framework of the ANR-Pelican project. To build amino acid patterns, we used a new software, Protomata-Learner, which represents these patterns as automatas. After being tested, most of these patterns were found to be significant. Another objective of this project was to find potential active sites and to see whether there was a common pattern between all the lyase families. We did find potential actives sites but no common pattern. Interestingly, Protomata-Learner was able to retrieve the motifs of the few phycobilin-lyases that have been characterized to date. So this software appears to be a good tool for the characterization of amino acid patterns.
Les cyanobactéries sont des organismes photosynthétiques et utilisent des phycobilisomes pour augmenter l'absorption de la lumière. Les phycobilines-lyases sont impliquées dans le processus de biosynthèse de ces phycobilisomes. L'objectif de ce stage était de définir des signatures protéiques pour chaque famille de lyases afin de faciliter l'annotation de plusieurs souches de Synechococcus qui seront séquencées fin 2010, dans le cadre du projet ANR-Pélican. A l'aide d'un logiciel, Protomata-Learner, qui recherche des motifs conservés et en déduit des automates représentant des signatures, nous avons caractérisé avec plus ou moins de succès toutes les familles de lyases. En effet, après avoir testé ces signatures, la grande majorité d'entre elles étaient spécifiques. De plus, 60% de ces signatures n'auraient pas pu être caractéristiques de leur famille sans l'expressivité accrue de Protomata-Learner. Nous avons aussi déterminé des sites actifs potentiels pour chaque type de lyase et mis en évidence qu'il n'existe pas de motif commun à l'ensemble des lyases. Les quelques motifs de lyases qui ont été caractérisés biochimiquement ont été retrouvés dans nos signatures. Ceci montre que Protomata-Learner est un bon outil pour caractériser des familles de protéines. Ces signatures sous forme de protomates peuvent aussi mettre en évidence des divergences évolutives entre les cyanobactéries.
Fichier non déposé

Dates et versions

inria-00536643 , version 1 (16-11-2010)

Identifiants

  • HAL Id : inria-00536643 , version 1

Citer

Sevellec Maelle. Prédiction des Motifs de Phycobilines-lyases chez les cyanobactéries. [Stage] 2010, pp.71. ⟨inria-00536643⟩
143 Consultations
0 Téléchargements

Partager

Gmail Facebook X LinkedIn More