Comparaison intensive des séquences protéiques : indexation des banques et usage des instructions SIMD des microprocesseurs - Inria - Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique Access content directly
Conference Papers Year : 2008

Comparaison intensive des séquences protéiques : indexation des banques et usage des instructions SIMD des microprocesseurs

Abstract

This paper presents a method for speeding up the comparison of two protein banks. It is based on two techniques: bank indexing and fast computation of short alignments using the SIMD instruction set of modern microprocessors. The algorithm follows the seed-based approach in which hits are first exhibited before further processing. Performances are compared with BLASTP and show a speed-up of 4 with comparable sensitivity.
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Dates and versions

inria-00325020 , version 1 (25-09-2008)

Identifiers

  • HAL Id : inria-00325020 , version 1

Cite

van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier. Comparaison intensive des séquences protéiques : indexation des banques et usage des instructions SIMD des microprocesseurs. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques - JOBIM, Jun 2008, Lille, France. ⟨inria-00325020⟩
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