Maximal Repetitions and Application to DNA sequences - Inria - Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique Accéder directement au contenu
Communication Dans Un Congrès Année : 2000

Maximal Repetitions and Application to DNA sequences

Mathieu Giraud

Résumé

In this paper we describe an implementation of Main-Kolpakov-Kucherov algorithm \cite{KolpakovKucherovFOCS99} of linear-time search for maximal repetitions in sequences. We first present a theoretical background and sketch main components of the method. We also discuss how the method can be generalized to finding approximate repetitions. Then we discuss implementation decisions and present test examples of running the programs on real DNA data.

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Dates et versions

inria-00107854 , version 1 (19-10-2006)

Identifiants

  • HAL Id : inria-00107854 , version 1

Citer

Mathieu Giraud, Gregory Kucherov. Maximal Repetitions and Application to DNA sequences. Journées Ouvertes : Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM'2000, 2000, Montpellier/France, pp.165--172. ⟨inria-00107854⟩
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