HMM, an Efficient Way to Detect Transcriptional Promoters in Bacterial Genomes?
Résumé
We have developed a data mining study based on second-order Hidden Markov Models to detect short DNA motifs that appear abnormally frequently at non-random locations in the streptomyces coelicolor genome. Our method has permitted to detect 23 of 30 SigR target promoter sequences in this genome. || Nous décrivons une étude de fouille de données à l'aide de modèles de Markov cachés du second ordre dans laquelle nous détectons des petits motifs d'ADN dans la bactérie S. Coelicolor. Notre méthode a permis de détecter 23 des 30 promoteurs sigR de ce gén