Apprentissage d'automates par fusions de paires de fragments significativement similaires et premières expérimentations sur les protéines MIP - Inria - Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique Access content directly
Reports (Research Report) Year : 2004

Apprentissage d'automates par fusions de paires de fragments significativement similaires et premières expérimentations sur les protéines MIP

Abstract

Nous proposons une nouvelle approche permettant d'apprendre des automates non déterministes pour la caractérisation et la modélisation de séquences protéiques. Cette approche est basée sur la fusion de fragments significativement similaires pour la caractérisation de la famille. Trois heuristiques d'ordonnancement des paires de fragment sont introduites, dont une utilisant la présence de contre-exemples, et un processus de généralisation, basé sur l'identification des propriétés physico-chimiques des acides aminés, est proposé. Les premières expérimentations menées sur la caractérisation de protéines de la famille MIP montrent la pertinence des automates appris, attestée par un bon pouvoir de prédiction. Mots clés : Inférence d'automates, découverte de motifs, séquences protéiques, propriétés physico-chimiques des acides aminés.
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Dates and versions

inria-00071412 , version 1 (23-05-2006)

Identifiers

  • HAL Id : inria-00071412 , version 1

Cite

François Coste, Goulven Kerbellec, Boris Idmont, Daniel Fredouille, Christian Delamarche. Apprentissage d'automates par fusions de paires de fragments significativement similaires et premières expérimentations sur les protéines MIP. [Rapport de recherche] RR-5176, INRIA. 2004. ⟨inria-00071412⟩
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