Le microbiome intestinal est un écosystème complexe, situé majoritairement dans le colon. Il est très diversifié et contient des centaines de micro-organismes. La biologie des systèmes est un domaine récent de la biologie qui cherche à étudier ces systèmes complexes. Elle va de pair avec la biologie computationnelle qui développe et fournit les outils nécessaires. Un réseau biologique est une représentation abstraite d’un système biologique, rendant compte des éléments le composant et de leurs interactions. Les progrès dans les techniques de séquençage ont permis d’obtenir une quantité d’informations génétiques grandissantes. En combinant cette nouvelle profusion de données au développement des techniques de métagénomique il devient alors possible d’identifier les organismes constituant une communauté et de générer les réseaux métaboliques correspondants. Cependant les données de protéomique et de métabolomique expérimentales sont encore assez limitées dès que l’on sort de l’étude d’organismes modèles. C’est pour cela qu’il est important de construire des stratégies de reconstruction de réseaux métaboliques robustes, capables de palier à ce manque de données. L’objectif global de cette étude est d’évaluer l’efficacité du séquençage Nanopore pour l’analyse métagénomique et la reconstruction de réseaux métaboliques. Ce travail se base sur des données de métagénomique obtenues à partir d’un échantillon de microbiote intestinal de porcelet. Une première étape consistera à générer automatiquement les réseaux métaboliques pour chaque souche identifiée. Dans un second temps les prédictions des réseaux obtenus seront comparées aux données expérimentales, en se focalisant sur deux composés d’intérêt qui sont le succinate et le tryptophane.