Stockage d'information sur ADN
Résumé
Le monde génère beaucoup d’informations et les supports de stockage de ces informations
sont une problématique actuelle. Depuis quelques années, la possibilité du stockage sur
un support ADN commence à émerger. Ce type de stockage permettrait de stocker beaucoup
d’informations en prenant très peu de place mais aussi de stocker ces informations sur le long
terme puisque l’ADN est une molécule très stable dans le temps. Notre projet vise à étudier le
stockage de l’information sur de l’ADN, et plus précisément de se concentrer sur la restitution de
l’information après un séquençage par le séquenceur MinION. De ce fait, ce stage se concentre
sur la préparation d’un environnement bioinformatique permettant de modéliser le séquençage
de l’information et d’en prévoir les erreurs afin de mieux les corriger. Après avoir codé du texte
en séquences ADN, nous avons utilisé le simulateur DeepSimulator afin de simuler le séquençage
des séquences générées. Nous vérifions d’abord que le séquenceur permet de donner une
idée exacte de la réalité du séquençage par nanopore puis nous analysons les types d’erreurs
afin de prévoir les erreurs générées lors d’un séquençage réel et adapter les séquences afin de
produire le minimum d’erreurs possible. Par la suite, une comparaison entre la simulation du
séquençage et le séquençage réel se fera afin de pouvoir vérifier les hypothèses. Si le simulateur
répond bien aux attentes, nous pourrons l’utiliser afin de tester les codes correcteurs d’erreurs
pour vérifier que nous serons bien capables de récupérer toute l’information
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