Nous proposons ici quelques éléments de réflexion sur l'annotation linguistique de corpus, notamment en syntaxe et en sémantique. En s'appuyant sur notre expérience dans des projets d'annotation de corpus français, nous listons quelques-unes des difficultés pratiques qui sont récurrentes dans les différents projets. Nous présentons enfin des outils, basés sur la réécriture de graphes, qui permettent d'automatiser en partie les conversions entre différents formats de représentation linguistiques et qui peuvent être mis en oeuvre pour le développement de corpus ou pour leur exploitation.