L'objectif de cet exposé est de présenter des modèles dynamiques appliqués en épidémiologie animale et végétale, destinés à comprendre les mécanismes de propagation, prédire l'évolution de l'épidémie, ou encore tester et évaluer des stratégies de maîtrise. Par rapport aux modèles classiques en épidémiologie type SIR, ces modèles intègrent souvent des structures plus fines de la population (âge, génotype, etc.) et peuvent combiner plusieurs échelles, de la réponse immunitaire intra-hôte à la propagation à l'échelle d'une filière, ou encore de la plante au paysage. Les formalismes mis en œuvre sont divers : ce sont principalement des modèles d'équations différentielles, mais on retrouve également des modèles stochastiques à temps discret, des modèles individus-centrés, etc. L'exposé mettra l'accent sur la construction des modèles à partir des questions posées et connaissances biologiques, ainsi que leur étude analytique ou numérique afin de répondre aux questions posées. On peut peut ainsi s'intéresser à l'identifiabilité ou l'identification des modèles, la réduction des modèles, ou encore réaliser une analyse de sensibilité... L'exposé s'appuiera sur quelques cas concrets de maladies des élevages ou des cultures, comme par exemple la tremblante ovine ou le phoma du colza.