Afin de pouvoir offrir à la communauté scientifique un Corpus d’Étude pour le Français Contemporain écrit et oral (CEFC), le projet ANR ORFEO (Outils et Recherches sur le Français Ecrit et Oral) a décidé de rassembler sur une plate-forme plusieurs corpus oraux existants en associant à chacun un ensemble de couches d’annotation. La couche d’annotation la plus proche du signal audio est le résultat de l’alignement automatique en phonèmes et en mots d’un fichier audio à partir de la transcription orthographique associée à ce fichier audio. Les corpus rassemblés dans le projet ont été orthographiquement transcrits par différents laboratoires en utilisant des conventions propres à chaque laboratoire et donc hétérogènes. Au LORIA, nous avons développé le logiciel ASTALI (Automatic Speech-Text ALIgnment) pour réaliser automatiquement l’alignement en phonèmes et en mots de corpus oraux. L’objet de cet article est de présenter les difficultés rencontrées lors de l’adaptation de notre outil pour l’alignement des différents corpus ORFEO du fait de l’hétérogénéité des conventions de transcription.