Le diagnostic des infections orthopédiques est un processus complexe, long, fastidieux et coûteux. Sa complexité vient du fait que beaucoup d'infections peuvent prendre plusieurs mois pour se développer. Dans le cas d'infections aigües, une réaction rapide est nécessaire pour endiguer le mal. Le diagnostic d'infections orthopédiques implique une approche pluridisciplinaire car elle nécessite les compétences et l'expertise conjointe d'orthopédistes, radiologistes, nucléaristes et biologistes moléculaires. Le travail conjoint de spécialistes issus de domaines médicaux différents a deux conséquences importantes. D'une part, la spécificité et la richesse du vocabulaire propre aux différentes disciplines a tendance à complexifier la sémantique du diagnostique. D'autre part, les donnée étant de nature hétérogène (par exemple, des régions d'intérêt, des uptakes scintigraphiques, des séquences ADN, des données cliniques, etc), il n'est pas toujours évident d'effectuer informatiquement des recoupements et de déduire automatiquement des in-formations diagnostiques. Dans cet article, nous proposons la formalisation et la construction d'une ontologie définissant la sémantique de ce domaine à partir de Ressources Terminologiques et Ontologiques (RTO). Cette ontologie est intégré A une plateforme d'aide au diagnostic à laquelle est couplée un moteur d'inférence probabiliste basé sur la logique Markovienne, ce qui permet d'intégrer la notion d'incertitude des raisonnements sur les données.