Recherche et annotation des structures de CRISPR dans l'ensemble des génomes procaryotes
Résumé
Les structures de CRISPR sont des suites d'unités répétées largement présentes dans les génomes procaryotes mais absentes des génomes eucaryotes. Nous avons déjà réalisé une base de données relationnelle, Crispi, rassemblant l'ensemble des CRISPR, et alimentée en permanence par une mise à jour automatique. Il s'agit ici d'enrichir la base en ajoutant l'annotation des structures présentes dans les éléments CRISPR. L'identification de ces structures palindromiques (tige-boucles) a été réalisée à l'aide d'un modèle grammatical, en utilisant le logiciel de pattern-matching Logol. La définition du modèle de tige-boucle adapté aux CRISPRS a constitué un des points sensibles de ces travaux.
Origine | Fichiers produits par l'(les) auteur(s) |
---|
Loading...