Classification of medical data using optimization methods applied to patient screening in clinical trials.
Classification sur données médicales à l'aide de méthodes d'optimisation et de datamining, appliquée au pré-screening dans les essais cliniques
Résumé
Medical data suffer from uncertainty and a lack of uniformisation, making them hard to use in medical software, especially for patient screening in clinical trials. In this PhD work, we propose to deal with these problems using supervised classification methods. We will focus on 3 properties of these data : imbalance, uncertainty and volumetry. We propose the MOCA-I algorithm to cope with this partial classification combinatorial problem, that uses a multi-objective local search algorithm. After having confirmed the benefits of multiobjectivization in this context, we calibrate MOCA-I and compare it to the best algorithms of the literature, on both real data sets and imbalanced data sets from literature. MOCA-I generates rule sets that are statistically better than models obtained by the best algorithmes of the literature. Moreover, the models generated by MOCA-I are between 2 to 6 times shorter. Regarding balanced data, we propose the MOCA algorithm, statistically equivalent to best algorithms of literature. Then, we analyze both theoretically and experimentally the behaviors of MOCA and MOCA-I depending on imbalance. In order to help the decision maker to choose a solution and reduce over-fitting, we propose and evaluate different methods to handle all the Pareto solutions generated by MOCA-I. Finally, we show how this work can be integrated into a software application.
Les données médicales souffrent de problèmes d'uniformisation ou d'incertitude, ce qui les rend difficilement utilisables directement par des logiciels médicaux, en particulier dans le cas du recrutement pour les essais cliniques. Dans cette thèse, nous proposons une approche permettant de palier la mauvaise qualité de ces données à l'aide de méthodes de classification supervisée. Nous nous intéresserons en particulier à 3 caractéristiques de ces données : asymétrie, incertitude et volumétrie. Nous proposons l'algorithme MOCA-I qui aborde ce problème combinatoire de classification partielle sur données asymétriques sous la forme d'un problème de recherche locale multi-objectif. Après avoir confirmé les apports de la modélisation multi-objectif dans ce contexte, nous calibrons MOCA-I et le comparons aux meilleurs algorithmes de classification de la littérature, sur des jeux de données réels et asymétriques de la littérature. Les ensembles de règles obtenus par MOCA-I sont statistiquement plus performants que ceux de la littérature, et 2 à 6 fois plus compacts. Pour les données ne présentant pas d'asymétrie, nous proposons l'algorithme MOCA, statistiquement équivalent à ceux de la littérature. Nous analysons ensuite l'impact de l'asymétrie sur le comportement de MOCA et MOCA-I, de manière théorique et expérimentale. Puis, nous proposons et évaluons différentes méthodes pour traiter les nombreuses solutions Pareto générées par MOCA-I, afin d'assister l'utilisateur dans le choix de la solution finale et réduire le phénomène de sur-apprentissage. Enfin, nous montrons comment le travail réalisé peut s'intégrer dans une solution logicielle.