CG-seq est une suite logicielle qui permet l'identification de régions fonctionnelles, telles que les ARN non-codants ou les gènes codants, dans une séquence génomique en utilisant le principe de la génomique comparative et de la comparaison entre espèces. Il prend en entrée une séquence à annoter, ainsi que d'autres séquences de référence issues de différentes espèces, et retourne en sortie une liste de régions candidates, avec leur annotation. Pour ce faire, CG-seq intègre plusieurs logiciels d'analyse de séquences existants, ainsi que de nouveaux modules qui ont été développés spécifiquement pour ce travail. CG-seq est distribué sous licence GPL, et téléchargeable à http://bioinfo.lifl.fr/CGseq. Il est disponible pour une utilisation en ligne de commande ou avec une interface graphique. Une version web est également proposée sur ce même site, qui permet de tester CG-seq sur des séquences de longueur raisonnable.