Comparative genomics of protoploid Saccharomycetaceae
Jean-Luc Souciet
(1)
,
Bernard Dujon
(2)
,
Claude Gaillardin
(3)
,
Mark Johnston
(4)
,
Philippe V Baret
(5)
,
Paul Cliften
(6)
,
David James Sherman
(7, 8)
,
Jean Weissenbach
(9, 10)
,
Eric Westhof
(11)
,
Patrick Wincker
(10, 12)
,
Claire Jubin
(10)
,
Julie Poulain
(10)
,
Valerie Barbe
(9, 10)
,
Béatrice Ségurens
(10)
,
François Artiguenave
(10)
,
Véronique Anthouard
(9, 10)
,
Benoit Vacherie
(10)
,
Marie-Eve Val
(10)
,
Robert S Fulton
(4)
,
Patrick Minx
(4)
,
Richard Wilson
(4)
,
Pascal Durrens
(7, 8)
,
Geraldine Jean
(8)
,
Christian Marck
(13)
,
Tiphaine Martin
(7, 14)
,
Macha Nikolski
(7, 8)
,
Thomas Rolland
(2)
,
Marie-Line Seret
(5)
,
Serge Casaregola
(3)
,
Laurence Despons
(15)
,
Cecile Fairhead
(2)
,
Gilles Fischer
(2)
,
Ingrid Lafontaine
(2)
,
Veronique Leh
(1)
,
Marc Lemaire
(16)
,
Jacky de Montigny
(1)
,
Cécile Neuvéglise
(3)
,
Agnès Thierry
(2)
,
Isabelle Blanc-Lenfle
(3)
,
Claudine Bleykasten
(1)
,
Julie Diffels
(5)
,
Emilie Fritsch
(1)
,
Lionel Frangeul
(17)
,
Adrien Goeffon
(7, 8)
,
Nicolas Jauniaux
(1)
,
Rym Kachouri-Lafond
(11)
,
Celia Payen
(2)
,
Serge Potier
(1)
,
Lenka Pribylova
(1, 18)
,
Christophe Ozanne
(3)
,
Guy-Franck Richard
(2)
,
Christine Sacerdot
(2)
,
Marie-Laure Straub
(1)
,
Emmanuel Talla
(19)
1
GMGM -
Génétique moléculaire, génomique, microbiologie
2 Génétique Moléculaire des Levures
3 MGM - Microbiologie et Génétique Moléculaire
4 Department of Genetics [Saint-Louis]
5 UCL - Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain
6 Department of Biology [Utah]
7 MAGNOME - Models and Algorithms for the Genome
8 LaBRI - Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique
9 SEG - Structure et évolution des génomes - UMR 8030
10 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
11 ARN - Architecture et Réactivité de l'ARN
12 IG - Institut de Génomique d'Evry
13 IBITECS - Institut de Biologie et de Technologies de Saclay
14 MABIOVIS - Modèles et algorithmes pour la Bioinformatique et la Visualisation d'informations;
15 GMGM - Génétique moléculaire, génomique, microbiologie
16 MAP - Microbiologie, adaptation et pathogénie
17 Génomique (Plate-Forme) - Genomics Platform
18 Department of Membrane Transport [Prague]
19 LCB - Laboratoire de chimie bactérienne
2 Génétique Moléculaire des Levures
3 MGM - Microbiologie et Génétique Moléculaire
4 Department of Genetics [Saint-Louis]
5 UCL - Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain
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7 MAGNOME - Models and Algorithms for the Genome
8 LaBRI - Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique
9 SEG - Structure et évolution des génomes - UMR 8030
10 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
11 ARN - Architecture et Réactivité de l'ARN
12 IG - Institut de Génomique d'Evry
13 IBITECS - Institut de Biologie et de Technologies de Saclay
14 MABIOVIS - Modèles et algorithmes pour la Bioinformatique et la Visualisation d'informations;
15 GMGM - Génétique moléculaire, génomique, microbiologie
16 MAP - Microbiologie, adaptation et pathogénie
17 Génomique (Plate-Forme) - Genomics Platform
18 Department of Membrane Transport [Prague]
19 LCB - Laboratoire de chimie bactérienne
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Béatrice Ségurens
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François Artiguenave
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Pascal Durrens
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Geraldine Jean
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Tiphaine Martin
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Macha Nikolski
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Thomas Rolland
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Gilles Fischer
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- IdRef : 139512624
Ingrid Lafontaine
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Marc Lemaire
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Jacky de Montigny
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Cécile Neuvéglise
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Agnès Thierry
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Claudine Bleykasten
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Lionel Frangeul
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Guy-Franck Richard
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- IdRef : 125049153
Résumé
Our knowledge on yeast genomes remains largely dominated by the extensive studies on Saccharomyces cerevisiae and the consequences of its ancestral duplication, leaving the evolution of the entire class of hemiascomycetes only partly explored. We concentrate here on five species of Saccharomycetaceae, a large subdivision of hemiascomycetes, that we call "protoploid" because they diverged from the S. cerevisiae lineage prior to its genome duplication. We determined the complete genome sequences of three of these species, Kluyveromyces (Lachancea) thermotolerans and Saccharomyces (Lachancea) kluyveri (two members of the newly described Lachancea clade) and Zygosaccharomyces rouxii. We included in our comparisons the previously available sequences of Klyveromyces lactis and Ashbya (Eremothecium) gossypii. Despite their broad evolutionary range and significant individual variations in each lineage, the five protoploid Saccharomycetaceae share a core repertoire of ca. 3,300 protein families and a high degree of conserved synteny. Synteny blocks were used to define gene orthology and to infer ancestors. Far from representing minimal genomes without redundancy, the five protoploid yeasts contain numerous copies of paralogous genes, either dispersed or in tandem arrays, that, altogether, constitute a third of each genome. Ancient, conserved paralogs as well as novel, lineage-specific paralogs were identified.
Origine | Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte |
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