Le modèle probabiliste de l'alignement local de deux séquences - Inria - Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique Access content directly
Reports (Research Report) Year : 1997

Le modèle probabiliste de l'alignement local de deux séquences

Pierre Nicodème
  • Function : Author

Abstract

Nous décrivons le modèle probabiliste utilisé pour calibrer l'alignement local de deux séquences, quand un schéma de score additif est utilisé. Ce modèle est utilisé en particulier par le logiciel BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), qui est employé fréquemment par les biologistes. Asymptotiquement, la probabilité associée au score d'un alignement optimal vérifie une loi des valeurs extrêmes. Nous analysons différents aspects des outils mathématiques (modèles de marche aléatoire, décomposition de Wiener-Hopf, théorie du renouvellement) utilisés dans ce modèle probabiliste.

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Dates and versions

inria-00073488 , version 1 (24-05-2006)

Identifiers

  • HAL Id : inria-00073488 , version 1

Cite

Pierre Nicodème. Le modèle probabiliste de l'alignement local de deux séquences. [Rapport de recherche] RR-3201, INRIA. 1997. ⟨inria-00073488⟩
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