International comparisons of laboratory values from the 4CE collaborative to predict COVID-19 mortality - Inria - Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue npj Digital Medicine Année : 2022

International comparisons of laboratory values from the 4CE collaborative to predict COVID-19 mortality

Griffin Weber (1) , Chuan Hong (1) , Zongqi Xia (2) , Nathan Palmer (1) , Paul Avillach (1) , Sehi L’yi (1) , Mark Keller (1) , Shawn Murphy (3) , Alba Gutiérrez-Sacristán (1) , Clara-Lea Bonzel (1) , Arnaud Serret-Larmande (4, 5) , Antoine Neuraz (6, 7, 5) , Gilbert Omenn (8) , Shyam Visweswaran (2) , Jeffrey Klann (3) , Andrew South (9) , Ne Hooi Will Loh (10) , Mario Cannataro (11) , Brett Beaulieu-Jones (1) , Riccardo Bellazzi (12, 13) , Giuseppe Agapito (11) , Mario Alessiani (14) , Bruce Aronow (15) , Douglas Bell (16) , Vincent Benoit (17) , Florence Bourgeois (1) , Luca Chiovato (13) , Kelly Cho (18) , Arianna Dagliati (12) , Scott Duvall , Noelia García Barrio (19) , David Hanauer (8) , Yuk-Lam Ho (18) , John Holmes (20) , Richard Issitt (21) , Molei Liu (22) , Yuan Luo (23) , Kristine Lynch (24) , Sarah Maidlow (8) , Alberto Malovini (13) , Kenneth Mandl (25) , Chengsheng Mao (23) , Michael Matheny , Jason Moore (20) , Jeffrey Morris (20) , Michele Morris (2) , Danielle Mowery (20) , Kee Yuan Ngiam (10) , Lav Patel (26) , Miguel Pedrera Jiménez (19) , Rachel Ramoni , Emily Schriver (20) , Petra Schubert (18) , Pablo Serrano Balazote (19) , Anastasia Spiridou (21) , Amelia Tan (1) , Byorn Tan (27) , Valentina Tibollo (13) , Carlo Torti (11) , Enrico Trecarichi (11) , Xuan Wang (1) , James Aaron , Adem Albayrak , Giuseppe Albi , James Balshi , Anna Alloni , Danilo Amendola , François Angoulvant , Brett Beaulieu-Jones , Li Anthony , Fatima Ashraf , Andrew Atz , Paul Avillach , Paula Azevedo , Antonio Bellasi , Vincent Benoit , Michele Beraghi , José Luis Bernal-Sobrino , Mélodie Bernaux , Romain Bey , Surbhi Bhatnagar , Alvar Blanco-Martínez , Martin Boeker , John Booth , Silvano Bosari , Robert Bradford , Gabriel Brat , Stéphane Bréant , Nicholas Brown , Raffaele Bruno , William Bryant , Mauro Bucalo , Emily Bucholz , Anita Burgun , Tianxi Cai , Aldo Carmona , Charlotte Caucheteux , Julien Champ , Krista Chen , Jin Chen , Lorenzo Chiudinelli , Kelly Cho , James Cimino , Tiago Colicchio , Sylvie Cormont , Sébastien Cossin , Jean Craig , Juan Luis Cruz-Bermúdez , Jaime Cruz-Rojo , Mohamad Daniar , Christel Daniel , Priyam Das , Batsal Devkota , Lana Garmire , Audrey Dionne , Rui Duan , Julien Dubiel , Loic Esteve , Hossein Estiri , Shirley Fan , Robert Follett , Thomas Ganslandt , Noelia García-Barrio , Nils Gehlenborg , Emily Getzen , Alon Geva , Tobias Gradinger , Alexandre Gramfort , Romain Griffier , Nicolas Griffon , Olivier Grisel , Alba Gutiérrez-Sacristán , Larry Han , David Hanauer , Christian Haverkamp , Daniel Key , Derek Hazard , Bing He , Darren Henderson , Martin Hilka , Kenneth Huling , Meghan Hutch , Richard Issitt , Anne Sophie Jannot , Vianney Jouhet , Ramakanth Kavuluru , Chris Kennedy , Kate Kernan , Katie Kirchoff , Jeffrey Klann , Isaac Kohane (1) , Ian Krantz , Detlef Kraska , Ashok Krishnamurthy , Trang Le , Judith Leblanc , Guillaume Lemaitre , Leslie Lenert , Damien Leprovost , Molei Liu , Qi Long , Sara Lozano-Zahonero , Sadiqa Mahmood , Sarah Maidlow , Adeline Makoudjou , Anupama Maram , Patricia Martel , Marcelo Martins , Jayson Marwaha , Aaron Masino , Maria Mazzitelli , Arthur Mensch , Marianna Milano , Marcos Minicucci , Bertrand Moal , Taha Mohseni Ahooyi , Jason Moore , Cinta Moraleda , Jeffrey Morris , Karyn Moshal , Sajad Mousavi , Douglas Murad , Shawn Murphy , Thomas Naughton , Carlos Tadeu Breda Neto , Jane Newburger , Kee Yuan Ngiam , Wanjiku Njoroge , James Norman , Jihad Obeid , Marina Okoshi , Karen Olson , Gilbert Omenn , Nina Orlova , Brian Ostasiewski , Nathan Palmer , Nicolas Paris , Lav Patel , Miguel Pedrera-Jiménez , Ashley Pfaff , Emily Pfaff , Danielle Pillion , Sara Pizzimenti , Hans Prokosch , Robson Prudente , Andrea Prunotto , Víctor Quirós-González , Rachel Ramoni , Maryna Raskin , Siegbert Rieg , Gustavo Roig-Domínguez , Pablo Rojo , Paula Rubio-Mayo , Paolo Sacchi , Carlos Sáez , Elisa Salamanca , Malarkodi Jebathilagam Samayamuthu , L. Nelson Sanchez-Pinto , Arnaud Sandrin , Nandhini Santhanam , Janaina Santos , Fernando Sanz Vidorreta , Maria Savino , Juergen Schuettler , Luigia Scudeller , Neil Sebire , Pablo Serrano-Balazote , Patricia Serre , Arnaud Serret-Larmande , Mohsin Shah , Zahra Shakeri Hossein Abad , Domenick Silvio , Piotr Sliz , Jiyeon Son , Charles Sonday , Andrew South , Francesca Sperotto , Zachary Strasser , Amelia Tan , Bryce Tan , Suzana Tanni , Deanne Taylor , Ana Terriza-Torres , Patric Tippmann , Emma Toh , Yi-Ju Tseng , Andrew Vallejos , Gael Varoquaux , Margaret Vella , Guillaume Verdy , Jill-Jênn Vie , Shyam Visweswaran , Michele Vitacca , Kavishwar Wagholikar , Lemuel Waitman , Demian Wassermann , Griffin Weber , Martin Wolkewitz , Scott Wong , Zongqi Xia , Xin Xiong , Ye Ye , Nadir Yehya , William Yuan , Alberto Zambelli , Harrison Zhang , Daniela Zöller , Valentina Zuccaro , Chiara Zucco , Isaac Kohane , Tianxi Cai (1) , Gabriel Brat (1)
Chuan Hong
Zongqi Xia
Paul Avillach
Sehi L’yi
Mark Keller
Shawn Murphy
Gilbert Omenn
Shyam Visweswaran
Jeffrey Klann
Brett Beaulieu-Jones
Mario Alessiani
  • Fonction : Auteur
Bruce Aronow
Douglas Bell
Scott Duvall
  • Fonction : Auteur
David Hanauer
Yuk-Lam Ho
Yuan Luo
Sarah Maidlow
Kenneth Mandl
Michael Matheny
  • Fonction : Auteur
Danielle Mowery
Lav Patel
Rachel Ramoni
  • Fonction : Auteur
Emily Schriver
Petra Schubert
James Aaron
  • Fonction : Auteur
Adem Albayrak
  • Fonction : Auteur
Giuseppe Albi
  • Fonction : Auteur
James Balshi
  • Fonction : Auteur
Anna Alloni
  • Fonction : Auteur
Danilo Amendola
  • Fonction : Auteur
François Angoulvant
Brett Beaulieu-Jones
  • Fonction : Auteur
Li Anthony
  • Fonction : Auteur
Fatima Ashraf
  • Fonction : Auteur
Andrew Atz
  • Fonction : Auteur
Paul Avillach
  • Fonction : Auteur
Paula Azevedo
  • Fonction : Auteur
Antonio Bellasi
  • Fonction : Auteur
Vincent Benoit
  • Fonction : Auteur
Michele Beraghi
  • Fonction : Auteur
José Luis Bernal-Sobrino
  • Fonction : Auteur
Mélodie Bernaux
  • Fonction : Auteur
Romain Bey
  • Fonction : Auteur
Surbhi Bhatnagar
  • Fonction : Auteur
Alvar Blanco-Martínez
  • Fonction : Auteur
Martin Boeker
  • Fonction : Auteur
John Booth
  • Fonction : Auteur
Silvano Bosari
  • Fonction : Auteur
Robert Bradford
  • Fonction : Auteur
Gabriel Brat
  • Fonction : Auteur
Stéphane Bréant
  • Fonction : Auteur
Nicholas Brown
  • Fonction : Auteur
Raffaele Bruno
  • Fonction : Auteur
William Bryant
  • Fonction : Auteur
Mauro Bucalo
  • Fonction : Auteur
Emily Bucholz
  • Fonction : Auteur
Anita Burgun
  • Fonction : Auteur
Tianxi Cai
  • Fonction : Auteur
Aldo Carmona
  • Fonction : Auteur
Charlotte Caucheteux
  • Fonction : Auteur
Julien Champ
  • Fonction : Auteur
Krista Chen
  • Fonction : Auteur
Jin Chen
  • Fonction : Auteur
Lorenzo Chiudinelli
  • Fonction : Auteur
Kelly Cho
  • Fonction : Auteur
James Cimino
  • Fonction : Auteur
Tiago Colicchio
  • Fonction : Auteur
Sylvie Cormont
  • Fonction : Auteur
Sébastien Cossin
  • Fonction : Auteur
Jean Craig
  • Fonction : Auteur
Juan Luis Cruz-Bermúdez
  • Fonction : Auteur
Jaime Cruz-Rojo
  • Fonction : Auteur
Mohamad Daniar
  • Fonction : Auteur
Christel Daniel
  • Fonction : Auteur
Priyam Das
  • Fonction : Auteur
Batsal Devkota
  • Fonction : Auteur
Lana Garmire
  • Fonction : Auteur
Audrey Dionne
  • Fonction : Auteur
Rui Duan
  • Fonction : Auteur
Julien Dubiel
  • Fonction : Auteur
Loic Esteve
  • Fonction : Auteur
Hossein Estiri
  • Fonction : Auteur
Shirley Fan
  • Fonction : Auteur
Robert Follett
  • Fonction : Auteur
Thomas Ganslandt
  • Fonction : Auteur
Noelia García-Barrio
  • Fonction : Auteur
Nils Gehlenborg
  • Fonction : Auteur
Emily Getzen
  • Fonction : Auteur
Alon Geva
  • Fonction : Auteur
Tobias Gradinger
  • Fonction : Auteur
Alexandre Gramfort
  • Fonction : Auteur
Romain Griffier
  • Fonction : Auteur
Nicolas Griffon
Olivier Grisel
  • Fonction : Auteur
Alba Gutiérrez-Sacristán
  • Fonction : Auteur
Larry Han
  • Fonction : Auteur
David Hanauer
  • Fonction : Auteur
Christian Haverkamp
  • Fonction : Auteur
Daniel Key
  • Fonction : Auteur
Derek Hazard
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Bing He
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Darren Henderson
  • Fonction : Auteur
Martin Hilka
  • Fonction : Auteur
Kenneth Huling
  • Fonction : Auteur
Meghan Hutch
  • Fonction : Auteur
Richard Issitt
  • Fonction : Auteur
Anne Sophie Jannot
  • Fonction : Auteur
Vianney Jouhet
  • Fonction : Auteur
Ramakanth Kavuluru
  • Fonction : Auteur
Chris Kennedy
  • Fonction : Auteur
Kate Kernan
  • Fonction : Auteur
Katie Kirchoff
  • Fonction : Auteur
Jeffrey Klann
  • Fonction : Auteur
Ian Krantz
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Detlef Kraska
  • Fonction : Auteur
Ashok Krishnamurthy
  • Fonction : Auteur
Trang Le
  • Fonction : Auteur
Judith Leblanc
  • Fonction : Auteur
Guillaume Lemaitre
  • Fonction : Auteur
Leslie Lenert
  • Fonction : Auteur
Damien Leprovost
  • Fonction : Auteur
Molei Liu
  • Fonction : Auteur
Qi Long
  • Fonction : Auteur
Sara Lozano-Zahonero
  • Fonction : Auteur
Sadiqa Mahmood
  • Fonction : Auteur
Sarah Maidlow
  • Fonction : Auteur
Adeline Makoudjou
  • Fonction : Auteur
Anupama Maram
  • Fonction : Auteur
Patricia Martel
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Marcelo Martins
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Jayson Marwaha
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Aaron Masino
  • Fonction : Auteur
Maria Mazzitelli
  • Fonction : Auteur
Arthur Mensch
  • Fonction : Auteur
Marianna Milano
  • Fonction : Auteur
Marcos Minicucci
  • Fonction : Auteur
Bertrand Moal
  • Fonction : Auteur
Taha Mohseni Ahooyi
  • Fonction : Auteur
Jason Moore
  • Fonction : Auteur
Cinta Moraleda
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Jeffrey Morris
  • Fonction : Auteur
Karyn Moshal
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Sajad Mousavi
  • Fonction : Auteur
Douglas Murad
  • Fonction : Auteur
Shawn Murphy
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Thomas Naughton
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Carlos Tadeu Breda Neto
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Jane Newburger
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Kee Yuan Ngiam
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Wanjiku Njoroge
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James Norman
  • Fonction : Auteur
Jihad Obeid
  • Fonction : Auteur
Marina Okoshi
  • Fonction : Auteur
Karen Olson
  • Fonction : Auteur
Gilbert Omenn
  • Fonction : Auteur
Nina Orlova
  • Fonction : Auteur
Brian Ostasiewski
  • Fonction : Auteur
Nathan Palmer
  • Fonction : Auteur
Nicolas Paris
  • Fonction : Auteur
Lav Patel
  • Fonction : Auteur
Miguel Pedrera-Jiménez
  • Fonction : Auteur
Ashley Pfaff
  • Fonction : Auteur
Emily Pfaff
  • Fonction : Auteur
Danielle Pillion
  • Fonction : Auteur
Sara Pizzimenti
  • Fonction : Auteur
Hans Prokosch
  • Fonction : Auteur
Robson Prudente
  • Fonction : Auteur
Andrea Prunotto
  • Fonction : Auteur
Víctor Quirós-González
  • Fonction : Auteur
Rachel Ramoni
  • Fonction : Auteur
Maryna Raskin
  • Fonction : Auteur
Siegbert Rieg
  • Fonction : Auteur
Gustavo Roig-Domínguez
  • Fonction : Auteur
Pablo Rojo
  • Fonction : Auteur
Paula Rubio-Mayo
  • Fonction : Auteur
Paolo Sacchi
  • Fonction : Auteur
Carlos Sáez
  • Fonction : Auteur
Elisa Salamanca
  • Fonction : Auteur
L. Nelson Sanchez-Pinto
  • Fonction : Auteur
Arnaud Sandrin
  • Fonction : Auteur
Nandhini Santhanam
  • Fonction : Auteur
Janaina Santos
  • Fonction : Auteur
Fernando Sanz Vidorreta
  • Fonction : Auteur
Maria Savino
  • Fonction : Auteur
Juergen Schuettler
  • Fonction : Auteur
Luigia Scudeller
  • Fonction : Auteur
Neil Sebire
  • Fonction : Auteur
Pablo Serrano-Balazote
  • Fonction : Auteur
Patricia Serre
  • Fonction : Auteur
Arnaud Serret-Larmande
  • Fonction : Auteur
Mohsin Shah
  • Fonction : Auteur
Zahra Shakeri Hossein Abad
  • Fonction : Auteur
Domenick Silvio
  • Fonction : Auteur
Piotr Sliz
  • Fonction : Auteur
Jiyeon Son
  • Fonction : Auteur
Charles Sonday
  • Fonction : Auteur
Andrew South
  • Fonction : Auteur
Francesca Sperotto
  • Fonction : Auteur
Zachary Strasser
  • Fonction : Auteur
Amelia Tan
Bryce Tan
  • Fonction : Auteur
Suzana Tanni
  • Fonction : Auteur
Deanne Taylor
  • Fonction : Auteur
Ana Terriza-Torres
  • Fonction : Auteur
Patric Tippmann
  • Fonction : Auteur
Emma Toh
  • Fonction : Auteur
Yi-Ju Tseng
  • Fonction : Auteur
Andrew Vallejos
  • Fonction : Auteur
Gael Varoquaux
  • Fonction : Auteur
Margaret Vella
  • Fonction : Auteur
Guillaume Verdy
  • Fonction : Auteur
Jill-Jênn Vie
  • Fonction : Auteur
Shyam Visweswaran
  • Fonction : Auteur
Michele Vitacca
  • Fonction : Auteur
Kavishwar Wagholikar
  • Fonction : Auteur
Lemuel Waitman
  • Fonction : Auteur
Demian Wassermann
  • Fonction : Auteur
Griffin Weber
  • Fonction : Auteur
Martin Wolkewitz
  • Fonction : Auteur
Scott Wong
  • Fonction : Auteur
Zongqi Xia
  • Fonction : Auteur
Xin Xiong
  • Fonction : Auteur
Ye Ye
  • Fonction : Auteur
Nadir Yehya
  • Fonction : Auteur
William Yuan
  • Fonction : Auteur
Alberto Zambelli
  • Fonction : Auteur
Harrison Zhang
  • Fonction : Auteur
Daniela Zöller
  • Fonction : Auteur
Valentina Zuccaro
  • Fonction : Auteur
Chiara Zucco
  • Fonction : Auteur
Isaac Kohane
Tianxi Cai
Gabriel Brat

Résumé

Abstract Given the growing number of prediction algorithms developed to predict COVID-19 mortality, we evaluated the transportability of a mortality prediction algorithm using a multi-national network of healthcare systems. We predicted COVID-19 mortality using baseline commonly measured laboratory values and standard demographic and clinical covariates across healthcare systems, countries, and continents. Specifically, we trained a Cox regression model with nine measured laboratory test values, standard demographics at admission, and comorbidity burden pre-admission. These models were compared at site, country, and continent level. Of the 39,969 hospitalized patients with COVID-19 (68.6% male), 5717 (14.3%) died. In the Cox model, age, albumin, AST, creatine, CRP, and white blood cell count are most predictive of mortality. The baseline covariates are more predictive of mortality during the early days of COVID-19 hospitalization. Models trained at healthcare systems with larger cohort size largely retain good transportability performance when porting to different sites. The combination of routine laboratory test values at admission along with basic demographic features can predict mortality in patients hospitalized with COVID-19. Importantly, this potentially deployable model differs from prior work by demonstrating not only consistent performance but also reliable transportability across healthcare systems in the US and Europe, highlighting the generalizability of this model and the overall approach.

Dates et versions

hal-03886991 , version 1 (06-12-2022)

Identifiants

Citer

Griffin Weber, Chuan Hong, Zongqi Xia, Nathan Palmer, Paul Avillach, et al.. International comparisons of laboratory values from the 4CE collaborative to predict COVID-19 mortality. npj Digital Medicine, 2022, 5 (1), pp.74. ⟨10.1038/s41746-022-00601-0⟩. ⟨hal-03886991⟩
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