COVID-19 Disease Map, a computational knowledge repository of SARS-CoV-2 virus-host interaction mechanisms
Marek Ostaszewski
(1)
,
Anna Niarakis
,
Alexander Mazein
,
Inna Kuperstein
,
Robert Phair
,
Aurelio Orta-Resendiz
,
Vidisha Singh
,
Sara Sadat Aghamiri
,
Marcio Luis Acencio
,
Enrico Glaab
,
Andreas Ruepp
,
Gisela Fobo
,
Corinna Montrone
,
Barbara Brauner
,
Goar Frishman
,
Luis Cristóbal Monraz Gómez
,
Julia Somers
,
Matti Hoch
,
Shailendra Kumar Gupta
,
Julia Scheel
,
Hanna Borlinghaus
,
Tobias Czauderna
,
Falk Schreiber
,
Arnau Montagud
,
Miguel Ponce de Leon
,
Akira Funahashi
,
Yusuke Hiki
,
Noriko Hiroi
,
Takahiro G Yamada
,
Andreas Dräger
,
Alina Renz
,
Muhammad Naveez
,
Zsolt Bocskei
,
Francesco Messina
,
Daniela Börnigen
,
Liam Fergusson
,
Marta Conti
,
Marius Rameil
,
Vanessa Nakonecnij
,
Jakob Vanhoefer
,
Leonard Schmiester
,
Muying Wang
,
Emily E Ackerman
,
Jason Shoemaker
,
Jeremy Zucker
,
Kristie Oxford
,
Jeremy Teuton
,
Ebru Kocakaya
,
Gökçe Yağmur Summak
,
Kristina Hanspers
,
Martina Kutmon
,
Susan Coort
,
Lars Eijssen
,
Friederike Ehrhart
,
D a B Rex
,
Denise Slenter
,
Marvin Martens
,
Nhung Pham
,
Robin Haw
,
Bijay Jassal
,
Lisa Matthews
,
Marija Orlic-Milacic
,
Andrea Senff Ribeiro
,
Karen Rothfels
,
Veronica Shamovsky
,
Ralf Stephan
,
Cristoffer Sevilla
,
Thawfeek Varusai
,
Jean-Marie Ravel
,
Rupsha Fraser
,
Vera Ortseifen
,
Silvia Marchesi
,
Piotr Gawron
,
Ewa Smula
,
Laurent Heirendt
,
Venkata Satagopam
,
Guanming Wu
,
Anders Riutta
,
Martin Golebiewski
,
Stuart Owen
,
Carole Goble
,
Xiaoming Hu
,
Rupert W Overall
,
Dieter Maier
,
Angela Bauch
,
Benjamin M Gyori
,
John A Bachman
,
Carlos Vega
,
Valentin Grouès
,
Miguel Vazquez
,
Pablo Porras
,
Luana Licata
,
Marta Iannuccelli
,
Francesca Sacco
,
Anastasia Nesterova
,
Anton Yuryev
,
Anita de Waard
,
Denes Turei
,
Augustin Luna
,
Ozgun Babur
,
Sylvain Soliman
,
Alberto Valdeolivas
,
Marina Esteban-Medina
,
Maria Peña-Chilet
,
Kinza Rian
,
Tomáš Helikar
,
Bhanwar Lal Puniya
,
Dezso Modos
,
Agatha Treveil
,
Marton Olbei
,
Bertrand de Meulder
,
Aurélien Dugourd
,
Aurélien Naldi
,
Vincent Noël
,
Laurence Calzone
,
Chris Sander
,
Emek Demir
,
Tamas Korcsmaros
,
Tom C Freeman
,
Franck Augé
,
Jacques S Beckmann
,
Jan Hasenauer
,
Olaf Wolkenhauer
,
Egon L Wilighagen
,
Alexander R Pico
,
Chris T Evelo
,
Marc E Gillespie
,
Lincoln D Stein
,
Henning Hermjakob
,
Peter d'Eustachio
,
Julio Saez-Rodriguez
Anna Niarakis
- Fonction : Auteur
- PersonId : 744064
- IdHAL : anna-niarakis
- ORCID : 0000-0002-9687-7426
Alexander Mazein
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802843
- ORCID : 0000-0001-7137-4171
Inna Kuperstein
- Fonction : Auteur
- PersonId : 776257
- ORCID : 0000-0001-8086-8915
Robert Phair
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802192
- ORCID : 0000-0001-7979-2386
Aurelio Orta-Resendiz
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802845
- ORCID : 0000-0002-6632-883X
Vidisha Singh
- Fonction : Auteur
- PersonId : 748615
- IdHAL : vidisha-singh
- ORCID : 0000-0002-3250-6669
Sara Sadat Aghamiri
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802338
- ORCID : 0000-0003-4440-7059
Marcio Luis Acencio
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805958
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Enrico Glaab
- Fonction : Auteur
- PersonId : 764696
- ORCID : 0000-0003-3977-7469
Andreas Ruepp
- Fonction : Auteur
- PersonId : 780939
- ORCID : 0000-0003-1705-3515
Gisela Fobo
- Fonction : Auteur
Corinna Montrone
- Fonction : Auteur
Barbara Brauner
- Fonction : Auteur
Goar Frishman
- Fonction : Auteur
Luis Cristóbal Monraz Gómez
- Fonction : Auteur
Julia Somers
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805959
- ORCID : 0000-0001-9489-2246
Matti Hoch
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805960
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Shailendra Kumar Gupta
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805961
- ORCID : 0000-0002-3470-3260
Julia Scheel
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805962
- ORCID : 0000-0002-0034-7755
Hanna Borlinghaus
- Fonction : Auteur
Tobias Czauderna
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805963
- ORCID : 0000-0002-1788-9593
Falk Schreiber
- Fonction : Auteur
Arnau Montagud
- Fonction : Auteur
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Miguel Ponce de Leon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 777353
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Akira Funahashi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802188
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Yusuke Hiki
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805964
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Noriko Hiroi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805965
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Takahiro G Yamada
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805966
- ORCID : 0000-0002-1665-1778
Andreas Dräger
- Fonction : Auteur
- PersonId : 766661
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Alina Renz
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805967
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Muhammad Naveez
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805968
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Zsolt Bocskei
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805969
- ORCID : 0000-0002-6105-2504
Francesco Messina
- Fonction : Auteur
- PersonId : 783223
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Daniela Börnigen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 778210
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Liam Fergusson
- Fonction : Auteur
Marta Conti
- Fonction : Auteur
Marius Rameil
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805970
- ORCID : 0000-0002-5298-9995
Vanessa Nakonecnij
- Fonction : Auteur
Jakob Vanhoefer
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805971
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Leonard Schmiester
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805972
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Muying Wang
- Fonction : Auteur
Emily E Ackerman
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805973
- ORCID : 0000-0003-0735-7152
Jason Shoemaker
- Fonction : Auteur
Jeremy Zucker
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802193
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Kristie Oxford
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805974
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Jeremy Teuton
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805975
- ORCID : 0000-0002-7703-8870
Ebru Kocakaya
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805976
- ORCID : 0000-0002-8347-3393
Gökçe Yağmur Summak
- Fonction : Auteur
Kristina Hanspers
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805977
- ORCID : 0000-0001-5410-599X
Martina Kutmon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802190
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Susan Coort
- Fonction : Auteur
- PersonId : 799209
- ORCID : 0000-0003-1224-9690
Lars Eijssen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 790032
- ORCID : 0000-0002-6473-2839
Friederike Ehrhart
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805978
- ORCID : 0000-0002-7770-620X
D a B Rex
- Fonction : Auteur
Denise Slenter
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805979
- ORCID : 0000-0001-8449-1318
Marvin Martens
- Fonction : Auteur
- PersonId : 785989
- ORCID : 0000-0003-2230-0840
Nhung Pham
- Fonction : Auteur
- PersonId : 14462
- IdHAL : thi-trang-nhung-pham
- IdRef : 202779645
Robin Haw
- Fonction : Auteur
- PersonId : 765081
- ORCID : 0000-0002-2013-7835
Bijay Jassal
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805980
- ORCID : 0000-0002-5039-5405
Lisa Matthews
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805981
- ORCID : 0000-0001-5707-3065
Marija Orlic-Milacic
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805645
- ORCID : 0000-0002-3218-5631
Andrea Senff Ribeiro
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805982
- ORCID : 0000-0002-7967-6307
Karen Rothfels
- Fonction : Auteur
- PersonId : 781147
- ORCID : 0000-0002-0705-7048
Veronica Shamovsky
- Fonction : Auteur
Ralf Stephan
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805983
- ORCID : 0000-0002-4650-631X
Cristoffer Sevilla
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805984
- ORCID : 0000-0002-8570-4650
Thawfeek Varusai
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805985
- ORCID : 0000-0002-7864-5971
Jean-Marie Ravel
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : jean-marie-ravel
- ORCID : 0000-0001-7038-7341
Rupsha Fraser
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805986
- ORCID : 0000-0002-3847-3554
Vera Ortseifen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805987
- ORCID : 0000-0001-5977-798X
Silvia Marchesi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 791236
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Piotr Gawron
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802847
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Ewa Smula
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805988
- ORCID : 0000-0001-7118-3164
Laurent Heirendt
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805989
- ORCID : 0000-0003-1861-0037
Venkata Satagopam
- Fonction : Auteur
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- ORCID : 0000-0002-6532-5880
Guanming Wu
- Fonction : Auteur
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Anders Riutta
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805991
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Martin Golebiewski
- Fonction : Auteur
- PersonId : 766663
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Stuart Owen
- Fonction : Auteur
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Carole Goble
- Fonction : Auteur
- PersonId : 766166
- ORCID : 0000-0003-1219-2137
Xiaoming Hu
- Fonction : Auteur
- PersonId : 766330
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Rupert W Overall
- Fonction : Auteur
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Dieter Maier
- Fonction : Auteur
Angela Bauch
- Fonction : Auteur
- PersonId : 793660
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Benjamin M Gyori
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805994
- ORCID : 0000-0001-9439-5346
John A Bachman
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805995
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Carlos Vega
- Fonction : Auteur
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Valentin Grouès
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805996
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Miguel Vazquez
- Fonction : Auteur
- PersonId : 791366
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Pablo Porras
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805997
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Luana Licata
- Fonction : Auteur
- PersonId : 784035
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Marta Iannuccelli
- Fonction : Auteur
Francesca Sacco
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805998
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Anastasia Nesterova
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805999
- ORCID : 0000-0002-9448-8101
Anton Yuryev
- Fonction : Auteur
Anita de Waard
- Fonction : Auteur
- PersonId : 806000
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Denes Turei
- Fonction : Auteur
- PersonId : 806001
- ORCID : 0000-0002-7249-9379
Augustin Luna
- Fonction : Auteur
- PersonId : 806002
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Ozgun Babur
- Fonction : Auteur
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Sylvain Soliman
- Fonction : Auteur
- PersonId : 2059
- IdHAL : sylvain-soliman
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- IdRef : 089050983
Alberto Valdeolivas
- Fonction : Auteur
- PersonId : 792456
- ORCID : 0000-0001-5482-9023
- IdRef : 24063201X
Marina Esteban-Medina
- Fonction : Auteur
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Maria Peña-Chilet
- Fonction : Auteur
- PersonId : 806004
- ORCID : 0000-0002-6445-9617
Kinza Rian
- Fonction : Auteur
- PersonId : 806005
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Tomáš Helikar
- Fonction : Auteur
- PersonId : 794569
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Bhanwar Lal Puniya
- Fonction : Auteur
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Dezso Modos
- Fonction : Auteur
- PersonId : 806007
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Agatha Treveil
- Fonction : Auteur
- PersonId : 806008
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Marton Olbei
- Fonction : Auteur
- PersonId : 800718
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Bertrand de Meulder
- Fonction : Auteur
- PersonId : 774761
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Aurélien Dugourd
- Fonction : Auteur
Aurélien Naldi
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : aurelien-naldi
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Vincent Noël
- Fonction : Auteur
Laurence Calzone
- Fonction : Auteur
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Chris Sander
- Fonction : Auteur
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Emek Demir
- Fonction : Auteur
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Tamas Korcsmaros
- Fonction : Auteur
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Tom C Freeman
- Fonction : Auteur
- PersonId : 806009
- ORCID : 0000-0001-5235-8483
Franck Augé
- Fonction : Auteur
- PersonId : 792087
- ORCID : 0000-0002-5641-4152
Jacques S Beckmann
- Fonction : Auteur
- PersonId : 806010
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Jan Hasenauer
- Fonction : Auteur
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Olaf Wolkenhauer
- Fonction : Auteur
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Egon L Wilighagen
- Fonction : Auteur
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Alexander R Pico
- Fonction : Auteur
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Chris T Evelo
- Fonction : Auteur
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- ORCID : 0000-0002-5301-3142
Marc E Gillespie
- Fonction : Auteur
- PersonId : 806012
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Lincoln D Stein
- Fonction : Auteur
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- ORCID : 0000-0002-1983-4588
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Henning Hermjakob
- Fonction : Auteur
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Peter d'Eustachio
- Fonction : Auteur
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Julio Saez-Rodriguez
- Fonction : Auteur
- PersonId : 769094
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Résumé
We describe a large-scale community effort to build an open-access, interoperable, and computable repository of COVID-19 molecular mechanisms - the COVID-19 Disease Map. We discuss the tools, platforms, and guidelines necessary for the distributed development of its contents by a multi-faceted community of biocurators, domain experts, bioinformaticians, and computational biologists. We highlight the role of relevant databases and text mining approaches in the enrichment and validation of the curated mechanisms. We describe the contents of the Map and their relevance to the molecular pathophysiology of COVID-19 and the analytical and computational modelling approaches that can be applied for mechanistic data interpretation and predictions. We conclude by demonstrating concrete applications of our work through several use cases and highlight new testable hypotheses.
Origine | Fichiers produits par l'(les) auteur(s) |
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