Deriving Gene Associations for Metabolic Models - Inria - Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique Access content directly
Reports (Research Report) Year : 2018

Deriving Gene Associations for Metabolic Models

Dériver des associations de gène pour des modèles métaboliques

Abstract

We define a formal procedure for inferring gene-protein-reaction (GPR) relations from complete metabolic models, using a logical representation of knowledge and a small set of inference rules. We show that different use cases of metabolic models requires difference GPR relations. Three examples from the yeast Saccharomyces cerevisae illustrate the procedure and demonstrate its usefulness.
Nous définissons une procédure formelle pour l’inférence de relations gène-protéine- réaction (GPR) à partir de modèles métaboliques complets, par moyen d’une représentation logique des connaissances et un petit ensemble de règles d’inférence. Nous montrons que les différents cas d’utilisation requièrent des différentes relations GPR. Trois exemples tirés de la levure Saccharomyces cerevisae illustrent la procédure et démontrent son utilité.
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Dates and versions

hal-01976744 , version 1 (10-01-2019)

Identifiers

  • HAL Id : hal-01976744 , version 1

Cite

Razanne Issa, David James Sherman. Deriving Gene Associations for Metabolic Models. [Research Report] RR-9246, Inria Bordeaux Sud-Ouest. 2018. ⟨hal-01976744⟩
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