Les modèles environnementaux contiennent souvent des entrées-sorties complexes de par leur nature dynamique et spatiale, ce qui soulève des problèmes spécifiques pour leurs analyses d'incertitude et de sensibilité (AS). A partir d'applications en évaluation des risques d'inondation et en agro-écologie, nous présentons des recherches en cours pour adapter les méthodes d'AS à de tels modèles. Après un rappel des principes de base, nous proposons une approche de métamodélisation de modèles dynamiques basée sur une approximation par base réduite d'EDPs et nous montrons comment l'erreur sur les indices de sensibilité qui en découle peut être quantifiée. Nous présentons ensuite un cocktail de solutions pragmatiques et méthodologiques pour l'AS d'un modèle agro-climatique dynamique avec des facteurs d'entrée non standards. Puis l'AS est appliquée à un modèle de risque d'inondation avec des entrées-sorties spatialisées. On définit des indices de sensibilité par bloc et une relation précise est établie entre ces indices et leur taille de support. Enfin, nous montrons comment l'ensemble du paysage et de ses caractéristiques clés peut être incorporé à l'AS d'un modèle spatial.