New models and algorithms for the identification of sncRNA-(snc)RNA interactions intra and across-species/kingdoms
Nouveaux modèles et algorithmes pour l’identification des interactions petitARNs-(petit)ARNs intra et inter-espèces/royaumes
Résumé
MicroRNAs (miRNAs) are non-coding RNAs present in eukaryotes that regulate the expression of messenger RNAs (mRNAs) up or down. These miRNAs have significant potential in future treatment of cancer and other diseases. The miRNA-mRNA interac- tions are intricate and involve various mechanisms, such as sequence complementarity, accessibility, and conservation. This thesis focuses on two such mechanisms, namely ac- cessibility and intra-species conservation of the site of interaction, using experimental data from Cross-linking, Ligation And Sequencing of Hybrids (CLASH). Although the accessibility of interaction sites on mRNAs is generally observed, it is not consistent for all interactions. Intra-species conservation is a rare feature, which we explore by infer- ring conserved motifs from mRNA interaction sites. Although the results are noisy, in some specific cases, we manage to retrieve some mRNA interaction sites from the inferred motifs.
Les microARNs (miARNs) sont de petit ARNs non codant présents dans tous les eu- caryotes qui régulent, positivement ou négativement, l’expression des ARN messagers (ARNms). Les miARNs ont un potentiel important pour de futurs traitements du cancer et d’autres maladies. Les interactions miARN-ARNm dépendent d’une variété de méca- nismes complexes, tels que la complémentarité des séquences, l’accessibilité et la conser- vation. Cette thèse se concentre sur deux de ces mécanismes, à savoir l’accessibilité et la conservation intra-espèce du site d’interaction, en utilisant des données expérimentales de Cross-linking, Ligation And Sequencing of Hybrids (CLASH). Bien que l’accessibilité des sites d’interaction sur les ARNms soit généralement observée, cela n’est pas le cas pour toutes les interactions. La conservation intra-espèce est un mécanisme peu considéré que nous avons étudiée au travers la recherche de motifs conservés dans les ARNms. Bien que les résultats obtenus soient bruités, il est possible de retrouver via ces motifs certains sites d’interaction sur les ARNms.
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