Nous nous intéressons au risque d'inondation d'une zone habitable ou industrielle, située à proximité d'un fleuve. Le risque est évalué à partir d'un modèle de la ligne d'eau du fleuve en présence d'incertitudes sur le débit et les caractéristiques du lit fluvial. Comme l'évaluation du modèle de la hauteur d'eau, pour un débit et des caractéristiques du lit fixés, est potentiellement coûteux en temps de calcul, l'estimation d'une probabilité de dépassement de seuil ou d'un quantile de la hauteur d'eau doit en pratique être conduite avec un budget réduit de simulations. Dans cet article, nous nous intéressons spécifiquement à l'estimation d'un quantile et nous proposons une méthode de planification d'expériences séquentielle qui construit une approximation du modèle par krigeage en choisissant les points d'évaluation du modèle de manière à réduire la variance d'estimation du quantile.