La structure d'un morceau de musique est un concept auquel il est fréquemment fait référence en musicologie et en informatique musicale, mais pour lequel il n'existe pas de définition communément admise. Ceci soulève un problème méthodologique dans le cadre de la recherche d'informations dans les contenus musicaux lorsque l'on souhaite concevoir et évaluer des algorithmes d'inférence automatique de la structure musicale. Ceci complique aussi la production à grande échelle d'annotations cohérentes réalisées par différents annotateurs. Cet article présente une approche dite de décomposition en blocs autonomes comparables, fondée sur des principes inspirés du structuralisme et de la linguistique générative. Celle-ci fournit une méthodologie pour l'annotation manuelle de la structure musicale à partir de critères simples et basés essentiellement sur l'expérience musicale de l'annotateur. On montre que l'approche proposée permet d'atteindre un niveau de concordance raisonnable entre les annotations produites par plusieurs annotateurs sur un même corpus de développement. Cette approche est actuellement utilisée pour produire un ensemble d'annotations de la base RWC, que l'on souhaite mettre à la disposition de la communauté scientifique dans le cadre de la campagne d'évaluation MIREX.