Après un rappel des principales spécificités des sources de données biologiques, nous décrivons brièvement deux études que nous avons effectuées en lien avec deux problèmes biologiques et portant sur la collecte de données selon des scénarios pré-établis d'interrogation d'une succession de sources. Nous évoquons ensuite les grandes lignes du projet de recherche qui fait suite et qui se veut être une généralisation des travaux précédents afin d'aider le biologiste, face à un problème assez complexe de collecte de données, à identifier des sources pertinentes, le guider dans la définition du scénario de collecte et mettre en oeuvre ce scénario sur des données réelles. Nous explicitons les points d'ancrage de ce projet dans la problématique du web sémantique ainsi que le premier domaine d'application envisagé.