From Nipype to Pydra: a Clinica story - Inria - Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique
Communication Dans Un Congrès Année : 2023

From Nipype to Pydra: a Clinica story

Ghislain Vaillant
Algorithms, models and methods for images and signals of the human brain = Algorithmes, modèles et méthodes pour les images et les signaux du cerveau humain [ICM Paris]
Nicolas Gensollen
Algorithms, models and methods for images and signals of the human brain = Algorithmes, modèles et méthodes pour les images et les signaux du cerveau humain [ICM Paris]
Matthieu Joulot
  • Fonction : Auteur
Algorithms, models and methods for images and signals of the human brain = Algorithmes, modèles et méthodes pour les images et les signaux du cerveau humain [ICM Paris]
Omar El-Rifai
Algorithms, models and methods for images and signals of the human brain = Algorithmes, modèles et méthodes pour les images et les signaux du cerveau humain [ICM Paris]
CV
Mauricio Diaz
Algorithms, models and methods for images and signals of the human brain = Algorithmes, modèles et méthodes pour les images et les signaux du cerveau humain [ICM Paris]
Olivier Colliot
Algorithms, models and methods for images and signals of the human brain = Algorithmes, modèles et méthodes pour les images et les signaux du cerveau humain [ICM Paris]
CV
Ninon Burgos
Algorithms, models and methods for images and signals of the human brain = Algorithmes, modèles et méthodes pour les images et les signaux du cerveau humain [ICM Paris]
CV

Résumé

Carrying out neuroimaging studies often involves multiple steps requiring different tools. As such it can be difficult to reproduce an experiment. Clinica (Routier et al., 2021) is a software platform that aims at empowering users with an environment to make reproducibility possible. In this abstract, we describe Clinica's migration to Pydra, a modern dataflow engine developed for the Nipype project (https://nipype.github.io/pydra). We also highlight our wider contributions to the Pydra ecosystem which will benefit the community at large.

Mots clés

Open-source software

Domaines

Imagerie médicale
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Clinica_OHBM2023.pdf (839.09 Ko) Télécharger le fichier
Origine Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Ninon Burgos  : Connectez-vous pour contacter le contributeur

https://inria.hal.science/hal-04278898

Soumis le : vendredi 10 novembre 2023-11:24:43

Dernière modification le : lundi 25 novembre 2024-15:52:43

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Dates et versions

hal-04278898 , version 1 (10-11-2023)

Licence

Paternité

Identifiants

  • HAL Id : hal-04278898 , version 1

Citer

Ghislain Vaillant, Nicolas Gensollen, Matthieu Joulot, Omar El-Rifai, Mauricio Diaz, et al.. From Nipype to Pydra: a Clinica story. OHBM 2023 - Annual meeting of the Organization for Human Brain Mapping, Jul 2023, Montreal, Canada. ⟨hal-04278898⟩

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