The CAFA challenge reports improved protein function prediction and new functional annotations for hundreds of genes through experimental screens
Naihui Zhou
,
Yuxiang Jiang
,
Timothy Bergquist
,
Alexandra Lee
,
Balint Kacsoh
,
Alex Crocker
,
Kimberley Lewis
,
George Georghiou
,
Huy Nguyen
(1)
,
Md Nafiz Hamid
,
Larry Davis
,
Tunca Dogan
(2)
,
Volkan Atalay
,
Ahmet Rifaioglu
,
Alperen Dalkiran
,
Rengul Cetin Atalay
,
Chengxin Zhang
,
Rebecca Hurto
,
Peter Freddolino
,
Yang Zhang
,
Prajwal Bhat
,
Fran Supek
,
Jose Fernandez
(3)
,
Branislava Gemovic
,
Vladimir Perovic
,
Radoslav Davidović
(4)
,
Neven Sumonja
,
Nevena Veljkovic
,
Ehsaneddin Asgari
,
Mohammad R.K. Mofrad
,
Giuseppe Profiti
(5)
,
Castrense Savojardo
,
Pier Luigi Martelli
,
Rita Casadio
(5)
,
Florian Boecker
,
Heiko Schoof
(6)
,
Indika Kahanda
,
Natalie Thurlby
,
Alice C Mchardy
(7)
,
Alexandre Renaux
(8)
,
Rabie Saidi
(9)
,
Julian Gough
(10)
,
Alex Freitas
,
Magdalena Antczak
,
Fabio Fabris
,
Mark Wass
,
Jie Hou
,
Jianlin Cheng
(11)
,
Zheng Wang
(12)
,
Alfonso Romero
(13)
,
Alberto Paccanaro
,
Haixuan Yang
,
Tatyana Goldberg
(14)
,
Chenguang Zhao
,
Liisa Holm
,
Petri Törönen
,
Alan J. Medlar
(15)
,
Elaine Zosa
,
Itamar Borukhov
,
Ilya Novikov
,
Angela Wilkins
,
Olivier Lichtarge
(16)
,
Po-Han Chi
,
Wei-Cheng Tseng
,
Michal Linial
,
Peter Rose
,
Christophe Dessimoz
(17)
,
Vedrana Vidulin
,
Saso Dzeroski
(18)
,
Ian Sillitoe
(19)
,
Sayoni Das
,
Jonathan Gill Lees
,
David Jones
,
Cen Wan
,
Domenico Cozzetto
,
Rui Fa
,
Mateo Torres
,
Alex Warwick Vesztrocy
,
Jose Manuel Rodriguez
,
Michael Tress
(20)
,
Marco Frasca
,
Marco Notaro
,
Giuliano Grossi
,
Alessandro Petrini
(21)
,
Matteo Re
,
Giorgio Valentini
(21)
,
Marco Mesiti
(22)
,
Daniel S. Roche
(23)
,
Jonas Reeb
,
David Ritchie
,
Sabeur Aridhi
(24)
,
Seyed Ziaeddin Alborzi
(24)
,
Marie-Dominique Devignes
(24)
,
da Chen Emily Koo
,
Richard Bonneau
,
Vladimir Gligorijević
,
Meet Barot
,
Hai Fang
,
Stefano Toppo
,
Enrico Lavezzo
(25)
,
Marco Falda
,
Michele Berselli
,
Silvio C.E. Tosatto
(26)
,
Marco Carraro
,
Damiano Piovesan
(26)
,
Hafeez Ur Rehman
,
Qizhong Mao
,
Shanshan Zhang
,
Slobodan Vucetic
,
Gage Black
,
Dane Jo
,
Erica Suh
,
Jonathan Dayton
,
Dallas Larsen
,
Ashton Omdahl
,
Liam Mcguffin
,
Danielle Brackenridge
,
Patricia Babbitt
,
Jeffrey Yunes
,
Paolo Fontana
,
Feng Zhang
,
Shanfeng Zhu
,
Ronghui You
,
Zihan Zhang
,
Suyang Dai
,
Shuwei Yao
,
Weidong Tian
,
Renzhi Cao
,
Caleb Chandler
,
Miguel Amezola
,
Devon Johnson
,
Jia-Ming Chang
(27)
,
Wen-Hung Liao
,
Yi-Wei Liu
(28)
,
Stefano Pascarelli
,
Yotam Frank
,
Robert Hoehndorf
,
Maxat Kulmanov
,
Imane Boudellioua
,
Gianfranco Politano
,
Stefano Di Carlo
(29)
,
Alfredo Benso
(30)
,
Kai Hakala
,
Filip Ginter
(31)
,
Farrokh Mehryary
,
Suwisa Kaewphan
,
Jari Björne
,
Hans Moen
,
Martti E.E. Tolvanen
,
Tapio Salakoski
(32)
,
Daisuke Kihara
(33)
,
Aashish Jain
,
Tomislav Šmuc
,
Adrian M Altenhoff
(34)
,
Asa Ben-Hur
(35)
,
Burkhard Rost
(14)
,
Steven Brenner
,
Christine Orengo
(19)
,
Constance Jeffery
,
Giovanni Bosco
,
Deborah Hogan
,
Maria Martin
,
Claire O’donovan
,
Sean Mooney
(36)
,
Casey Greene
,
Predrag Radivojac
,
Iddo Friedberg
1
ISU -
Iowa State University
2 European Bioinformatics Institute
3 EPM - École Polytechnique de Montréal
4 Vinča Institute of Nuclear Sciences
5 UNIBO - Alma Mater Studiorum Università di Bologna = University of Bologna
6 MPIPZ - Max Planck Institute for Plant Breeding Research
7 European Virus Bioinformatics Center [Jena]
8 ULB - Université libre de Bruxelles
9 LIMOS - Laboratoire d'Informatique, de Modélisation et d'optimisation des Systèmes
10 Department of Computer Science
11 Department of Computer Science [Columbia]
12 YSPH - Yale School of Public Health
13 Departamento de Geometría y Topología
14 Tumor Biology Center
15 Centre for Nephrology [London, UK]
16 BCM - Baylor College of Medicine
17 Department of Computer Science
18 Department of Knowledge Technologies
19 UCL - University College of London [London]
20 CNIO - Spanish National Cancer Research Center
21 Dipartimento di Informatica
22 Dipartimento di Scienze dell'Informazione [Milano]
23 United States Naval Academy
24 CAPSID - Computational Algorithms for Protein Structures and Interactions
25 Department of Molecular Medicine
26 Unipd - Università degli Studi di Padova = University of Padua
27 CRG - Centro de Regulación Genómica
28 Physics Department
29 DAUIN - Dipartimento di Automatica e Informatica [Torino]
30 Polito - Politecnico di Torino = Polytechnic of Turin
31 University of Turku
32 Bioinformatics Laboratory
33 TTIC - Toyota Technological Institute at Chicago [Chicago]
34 SIB - Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne]
35 Department of Computer Science [Colorado State University]
36 CPIB - Centre for Plant Integrative Biology [Nothingham]
2 European Bioinformatics Institute
3 EPM - École Polytechnique de Montréal
4 Vinča Institute of Nuclear Sciences
5 UNIBO - Alma Mater Studiorum Università di Bologna = University of Bologna
6 MPIPZ - Max Planck Institute for Plant Breeding Research
7 European Virus Bioinformatics Center [Jena]
8 ULB - Université libre de Bruxelles
9 LIMOS - Laboratoire d'Informatique, de Modélisation et d'optimisation des Systèmes
10 Department of Computer Science
11 Department of Computer Science [Columbia]
12 YSPH - Yale School of Public Health
13 Departamento de Geometría y Topología
14 Tumor Biology Center
15 Centre for Nephrology [London, UK]
16 BCM - Baylor College of Medicine
17 Department of Computer Science
18 Department of Knowledge Technologies
19 UCL - University College of London [London]
20 CNIO - Spanish National Cancer Research Center
21 Dipartimento di Informatica
22 Dipartimento di Scienze dell'Informazione [Milano]
23 United States Naval Academy
24 CAPSID - Computational Algorithms for Protein Structures and Interactions
25 Department of Molecular Medicine
26 Unipd - Università degli Studi di Padova = University of Padua
27 CRG - Centro de Regulación Genómica
28 Physics Department
29 DAUIN - Dipartimento di Automatica e Informatica [Torino]
30 Polito - Politecnico di Torino = Polytechnic of Turin
31 University of Turku
32 Bioinformatics Laboratory
33 TTIC - Toyota Technological Institute at Chicago [Chicago]
34 SIB - Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne]
35 Department of Computer Science [Colorado State University]
36 CPIB - Centre for Plant Integrative Biology [Nothingham]
Naihui Zhou
- Fonction : Auteur
Yuxiang Jiang
- Fonction : Auteur
Timothy Bergquist
- Fonction : Auteur
Alexandra Lee
- Fonction : Auteur
Balint Kacsoh
- Fonction : Auteur
Alex Crocker
- Fonction : Auteur
Kimberley Lewis
- Fonction : Auteur
George Georghiou
- Fonction : Auteur
Md Nafiz Hamid
- Fonction : Auteur
Larry Davis
- Fonction : Auteur
Volkan Atalay
- Fonction : Auteur
Ahmet Rifaioglu
- Fonction : Auteur
Alperen Dalkiran
- Fonction : Auteur
Rengul Cetin Atalay
- Fonction : Auteur
Chengxin Zhang
- Fonction : Auteur
Rebecca Hurto
- Fonction : Auteur
Peter Freddolino
- Fonction : Auteur
Yang Zhang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757354
- ORCID : 0000-0003-4102-2671
Prajwal Bhat
- Fonction : Auteur
Fran Supek
- Fonction : Auteur
Branislava Gemovic
- Fonction : Auteur
Vladimir Perovic
- Fonction : Auteur
Radoslav Davidović
- Fonction : Auteur
- PersonId : 792609
- ORCID : 0000-0002-6097-6203
Neven Sumonja
- Fonction : Auteur
Nevena Veljkovic
- Fonction : Auteur
- PersonId : 798803
- ORCID : 0000-0001-6562-5800
Ehsaneddin Asgari
- Fonction : Auteur
Mohammad R.K. Mofrad
- Fonction : Auteur
Castrense Savojardo
- Fonction : Auteur
Pier Luigi Martelli
- Fonction : Auteur
Florian Boecker
- Fonction : Auteur
Indika Kahanda
- Fonction : Auteur
Natalie Thurlby
- Fonction : Auteur
Rabie Saidi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 867520
Alex Freitas
- Fonction : Auteur
Magdalena Antczak
- Fonction : Auteur
Fabio Fabris
- Fonction : Auteur
Mark Wass
- Fonction : Auteur
Jie Hou
- Fonction : Auteur
Alberto Paccanaro
- Fonction : Auteur
Haixuan Yang
- Fonction : Auteur
Chenguang Zhao
- Fonction : Auteur
Liisa Holm
- Fonction : Auteur
Petri Törönen
- Fonction : Auteur
Elaine Zosa
- Fonction : Auteur
- PersonId : 798804
- ORCID : 0000-0003-2482-0663
Itamar Borukhov
- Fonction : Auteur
Ilya Novikov
- Fonction : Auteur
Angela Wilkins
- Fonction : Auteur
Po-Han Chi
- Fonction : Auteur
Wei-Cheng Tseng
- Fonction : Auteur
Michal Linial
- Fonction : Auteur
Peter Rose
- Fonction : Auteur
Vedrana Vidulin
- Fonction : Auteur
Sayoni Das
- Fonction : Auteur
Jonathan Gill Lees
- Fonction : Auteur
David Jones
- Fonction : Auteur
Cen Wan
- Fonction : Auteur
Domenico Cozzetto
- Fonction : Auteur
Rui Fa
- Fonction : Auteur
Mateo Torres
- Fonction : Auteur
Alex Warwick Vesztrocy
- Fonction : Auteur
Jose Manuel Rodriguez
- Fonction : Auteur
Marco Frasca
- Fonction : Auteur
Marco Notaro
- Fonction : Auteur
Giuliano Grossi
- Fonction : Auteur
Matteo Re
- Fonction : Auteur
Jonas Reeb
- Fonction : Auteur
David Ritchie
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1609
- IdHAL : david-ritchie
- ORCID : 0000-0002-0906-7354
- IdRef : 172270383
Sabeur Aridhi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 16269
- IdHAL : sabeur-aridhi
- ORCID : 0000-0002-3657-3762
- IdRef : 17650513X
Seyed Ziaeddin Alborzi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 971733
Marie-Dominique Devignes
- Fonction : Auteur
- PersonId : 742369
- IdHAL : mddevignes
- ORCID : 0000-0002-0399-8713
- IdRef : 134215001
da Chen Emily Koo
- Fonction : Auteur
Richard Bonneau
- Fonction : Auteur
Vladimir Gligorijević
- Fonction : Auteur
Meet Barot
- Fonction : Auteur
Hai Fang
- Fonction : Auteur
Stefano Toppo
- Fonction : Auteur
Marco Falda
- Fonction : Auteur
Michele Berselli
- Fonction : Auteur
Marco Carraro
- Fonction : Auteur
Damiano Piovesan
- Fonction : Auteur
- PersonId : 791665
- ORCID : 0000-0001-8210-2390
Hafeez Ur Rehman
- Fonction : Auteur
Qizhong Mao
- Fonction : Auteur
Shanshan Zhang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 798805
- ORCID : 0000-0002-9033-3786
Slobodan Vucetic
- Fonction : Auteur
Gage Black
- Fonction : Auteur
Dane Jo
- Fonction : Auteur
Erica Suh
- Fonction : Auteur
Jonathan Dayton
- Fonction : Auteur
Dallas Larsen
- Fonction : Auteur
Ashton Omdahl
- Fonction : Auteur
Liam Mcguffin
- Fonction : Auteur
Danielle Brackenridge
- Fonction : Auteur
Patricia Babbitt
- Fonction : Auteur
Jeffrey Yunes
- Fonction : Auteur
Paolo Fontana
- Fonction : Auteur
Feng Zhang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 936796
Shanfeng Zhu
- Fonction : Auteur
Ronghui You
- Fonction : Auteur
Zihan Zhang
- Fonction : Auteur
Suyang Dai
- Fonction : Auteur
Shuwei Yao
- Fonction : Auteur
Weidong Tian
- Fonction : Auteur
Renzhi Cao
- Fonction : Auteur
Caleb Chandler
- Fonction : Auteur
Miguel Amezola
- Fonction : Auteur
Devon Johnson
- Fonction : Auteur
Wen-Hung Liao
- Fonction : Auteur
Stefano Pascarelli
- Fonction : Auteur
Yotam Frank
- Fonction : Auteur
Robert Hoehndorf
- Fonction : Auteur
Maxat Kulmanov
- Fonction : Auteur
Imane Boudellioua
- Fonction : Auteur
Gianfranco Politano
- Fonction : Auteur
Kai Hakala
- Fonction : Auteur
Farrokh Mehryary
- Fonction : Auteur
Suwisa Kaewphan
- Fonction : Auteur
Jari Björne
- Fonction : Auteur
Hans Moen
- Fonction : Auteur
Martti E.E. Tolvanen
- Fonction : Auteur
Daisuke Kihara
- Fonction : Auteur
- PersonId : 765070
- ORCID : 0000-0003-4091-6614
- IdRef : 155148435
Aashish Jain
- Fonction : Auteur
Tomislav Šmuc
- Fonction : Auteur
Steven Brenner
- Fonction : Auteur
Constance Jeffery
- Fonction : Auteur
Giovanni Bosco
- Fonction : Auteur
Deborah Hogan
- Fonction : Auteur
Maria Martin
- Fonction : Auteur
Claire O’donovan
- Fonction : Auteur
Casey Greene
- Fonction : Auteur
Predrag Radivojac
- Fonction : Auteur
Iddo Friedberg
- Fonction : Auteur