A whole-genome sequence and transcriptome perspective on HER2-positive breast cancers
Anthony Ferrari
(1)
,
Anne Vincent-Salomon
(2)
,
Xavier Pivot
(3)
,
Anne-Sophie Sertier
(1)
,
Emile Thomas
(1)
,
Laurie Tonon
(1)
,
Sandrine Boyault
(1)
,
Eskeatnaf Mulugeta
(2)
,
Isabelle Treilleux
(1)
,
Gaëtan Macgrogan
(4)
,
Laurent Arnould
(5, 6)
,
Janice Kielbassa
(1)
,
Vincent Le Texier
(1)
,
Hélène Blanché
(7)
,
Jean-François Deleuze
(7)
,
Jocelyne Jacquemier
(8)
,
Marie-Christine Mathieu
(9)
,
Frédérique Penault-Llorca
(10)
,
Frédéric Bibeau
(11)
,
Maria Mariani
(12)
,
Cécile Mannina
(13)
,
Jean-Yves Pierga
(14, 15)
,
Olivier Trédan
(1)
,
Thomas Bachelot
(16)
,
Hervé Bonnefoi
(4)
,
Gilles Romieu
(17)
,
Pierre Fumoleau
(18)
,
Suzette Delaloge
(19)
,
Maria Rios
(20)
,
Jean-Marc Ferrero
(21)
,
Carole Tarpin
(22)
,
Catherine Bouteille
(23)
,
Fabien Calvo
(24)
,
Ivo Glynne Gut
(25)
,
Marta Gut
(25)
,
Sancha Martin
(26)
,
Serena Nik-Zainal
(26)
,
Michael R. Stratton
(26)
,
Iris Pauporté
(27)
,
Pierre Saintigny
(28)
,
Daniel Birnbaum
(22)
,
Alain Viari
(1, 29)
,
Gilles Thomas
(28)
1
Centre Léon Bérard [Lyon]
2 Génétique et Biologie du Développement
3 RIGHT - Interactions hôte-greffon-tumeur, ingénierie cellulaire et génique - UFC (UMR INSERM 1098)
4 VINCO - Validation et identification de nouvelles cibles en oncologie
5 LNC - Lipides - Nutrition - Cancer (U866)
6 Département de Biologie et pathologie des tumeurs [Centre Georges-François Leclerc]
7 CEPH - Centre d'Etude du Polymorphisme Humain
8 IPC - Institut Paoli-Calmettes
9 IGR - Institut Gustave Roussy
10 ERTICa - Equipe de recherche sur les traitements individualisés des cancers
11 IRCM - U1194 Inserm - UM - Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier
12 Centre de Ressources Biologiques [Paris]
13 Département de pathologie
14 PCC - Physico-Chimie-Curie
15 UPD5 - Université Paris Descartes - Paris 5
16 Department of Medical Oncology [Lyon]
17 ICM - UNICANCER - Institut régional du Cancer Montpellier Val d'Aurelle
18 UNICANCER/CRLCC-CGFL - Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon]
19 Pathologie mammaire
20 UNICANCER/ICL - Institut de Cancérologie de Lorraine - Alexis Vautrin [Nancy]
21 Pôle de Chirurgie Oncologique générale, Gynécologique et Mammaire [Centre Antoine-Lacassagne]
22 CRCM - Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille
23 Chirurgie gynécologique, mammaire et réparatrice [Saint-Etienne]
24 Direction de la recherche [Gustave Roussy]
25 CRG - Centre for Genomic Regulation - Centre de Regulació Genòmica [Barcelona]
26 The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge]
27 INCa - Institut national du cancer
28 UNICANCER/CRCL - Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon
29 ERABLE - Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale
2 Génétique et Biologie du Développement
3 RIGHT - Interactions hôte-greffon-tumeur, ingénierie cellulaire et génique - UFC (UMR INSERM 1098)
4 VINCO - Validation et identification de nouvelles cibles en oncologie
5 LNC - Lipides - Nutrition - Cancer (U866)
6 Département de Biologie et pathologie des tumeurs [Centre Georges-François Leclerc]
7 CEPH - Centre d'Etude du Polymorphisme Humain
8 IPC - Institut Paoli-Calmettes
9 IGR - Institut Gustave Roussy
10 ERTICa - Equipe de recherche sur les traitements individualisés des cancers
11 IRCM - U1194 Inserm - UM - Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier
12 Centre de Ressources Biologiques [Paris]
13 Département de pathologie
14 PCC - Physico-Chimie-Curie
15 UPD5 - Université Paris Descartes - Paris 5
16 Department of Medical Oncology [Lyon]
17 ICM - UNICANCER - Institut régional du Cancer Montpellier Val d'Aurelle
18 UNICANCER/CRLCC-CGFL - Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon]
19 Pathologie mammaire
20 UNICANCER/ICL - Institut de Cancérologie de Lorraine - Alexis Vautrin [Nancy]
21 Pôle de Chirurgie Oncologique générale, Gynécologique et Mammaire [Centre Antoine-Lacassagne]
22 CRCM - Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille
23 Chirurgie gynécologique, mammaire et réparatrice [Saint-Etienne]
24 Direction de la recherche [Gustave Roussy]
25 CRG - Centre for Genomic Regulation - Centre de Regulació Genòmica [Barcelona]
26 The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge]
27 INCa - Institut national du cancer
28 UNICANCER/CRCL - Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon
29 ERABLE - Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale
Anne Vincent-Salomon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 758892
- ORCID : 0000-0001-5754-5771
- IdRef : 129126896
Hélène Blanché
- Fonction : Auteur
- PersonId : 766613
- ORCID : 0000-0003-2115-575X
Frédérique Penault-Llorca
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1188534
- ORCID : 0000-0002-4279-5492
- IdRef : 076501450
Jean-Yves Pierga
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1015000
- ORCID : 0000-0002-2863-9995
- IdRef : 077816188
Olivier Trédan
- Fonction : Auteur
- PersonId : 767637
- ORCID : 0000-0001-5881-9383
Thomas Bachelot
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757054
- ORCID : 0000-0002-0866-9484
- IdRef : 088209970
Pierre Fumoleau
- Fonction : Auteur
- PersonId : 998868
- ORCID : 0000-0002-2912-2170
- IdRef : 067159532
Suzette Delaloge
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1144179
- ORCID : 0000-0003-2106-9165
- IdRef : 165172088
Jean-Marc Ferrero
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1192594
- ORCID : 0000-0003-0069-3743
- IdRef : 034779752
Marta Gut
- Fonction : Auteur
- PersonId : 764586
- ORCID : 0000-0002-4063-7159
Pierre Saintigny
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1191700
- IdHAL : pierre-saintigny
- ORCID : 0000-0002-8090-9323
Daniel Birnbaum
- Fonction : Auteur
- PersonId : 834190
Alain Viari
- Fonction : Auteur
- PersonId : 18170
- IdHAL : alain-viari
- ORCID : 0000-0002-1329-7777
- IdRef : 081478151
Résumé
HER2-positive breast cancer has long proven to be a clinically distinct class of breast cancers for which several targeted therapies are now available. However, resistance to the treatment associated with specific gene expressions or mutations has been observed, revealing the underlying diversity of these cancers. Therefore, understanding the full extent of the HER2-positive disease heterogeneity still remains challenging. Here we carry out an in-depth genomic characterization of 64 HER2-positive breast tumour genomes that exhibit four subgroups, based on the expression data, with distinctive genomic features in terms of somatic mutations, copy-number changes or structural variations. The results suggest that, despite being clinically defined by a specific gene amplification, HER2-positive tumours melt into the whole luminal–basal breast cancer spectrum rather than standing apart. The results also lead to a refined ERBB2 amplicon of 106 kb and show that several cases of amplifications are compatible with a breakage–fusion–bridge mechanism.
Domaines
Sciences du Vivant [q-bio]Origine | Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte |
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