Identification de complexes protéine-protéine par combinaison de classifieurs. Application à Escherichia coli - Inria - Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique Access content directly
Conference Papers Year : 2013

Identification de complexes protéine-protéine par combinaison de classifieurs. Application à Escherichia coli

Abstract

We propose an approach to predict complexes with three proteins (trimers) by using classifiers learnt on protein-protein complexes (dimers). The prediction of trimers relies on two strong biological hypotheses: (i) two orthologous proteins share similar functional characteristics; (ii) two proteins interact as a complex to ensure an essential biological function for the studied species. These two hypotheses are used to describe each pair of proteins with the set of species for which they share an ortholog. A set of quality measures, initially developed for the evaluation of the interest of association rules, is used to evaluate the strength of the link between the two proteins. Our approach has been tested on Eschericha coli
Nous proposons une approche permettant de prédire des complexes impliquant trois protéines (appelés trimères) à partir de combinaison de classifieurs appris sur des complexes n'impliquant que deux protéines (dimères). La prédiction de ces trimères repose sur deux hypothèses biologiques : (i) deux protéines orthologues présentent des caractéristiques fonctionnelles similaires; (ii) deux protéines interagissant sous la forme d'un complexe sous-tendent une fonction biologique essentielle à l'espèce concernée. Ces deux hypothèses sont exploitées pour décrire chaque paire de protéines par l'ensemble des espèces pour lesquelles elles possèdent un orthologue. Un ensemble de mesures de qualité classiquement utilisées pour évaluer l'intérêt des règles d'association est utilisé pour évaluer la force du lien entre les deux protéines. L'organisme modèle Escherichia coli a été utilisé pour évaluer notre approche.
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Dates and versions

hal-00785473 , version 1 (06-02-2013)

Identifiers

  • HAL Id : hal-00785473 , version 1

Cite

Thomas Bourquard, Damien Mathieu de Vienne, Jérôme Azé. Identification de complexes protéine-protéine par combinaison de classifieurs. Application à Escherichia coli. EGC 2013 - 13eme conférence Francophone sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances, Florence Sèdes (IRIT Toulouse - Université Paul Sabatier) et André Péninou (IRIT Toulouse - Université Toulouse 2), Jan 2013, Toulouse, France. pp.419-430. ⟨hal-00785473⟩
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