Le cerveau est un objet d'étude passionnant, par la complexité des fonctions cognitives qu'il génère mais aussi par sa complexité intrinsèque. En effet, le cerveau est constitué d'un réseau distribué de neurones, considérés comme des unités de traitement de l'information et assemblés en circuit pour réaliser les fonctions cérébrales. Il faut donc considérer que les fonctions cérébrales et les comportements qui y sont associés émergent de l'interaction de ces constituants et que l'étude du cerveau en tant que réseau (et donc de sa connectivité) est un élément central dans tous les domaines des neurosciences qui cherchent fondamentalement à trouver des liens entre structure et fonction, à différents niveaux de description (de la molécule à l'individu). Les faits que les neurones soient des éléments placés dans un réseau physique, qu'ils traitent de l'information et que de leur interaction résulte un comportement sont indissociables. C'est pour cette raison que l'on devra considérer trois types de connectivité cérébrale : une connectivité structurelle (anatomique), une connectivité fonctionnelle (mesurant la dépendance statistique entre des activations neuronales) et une connectivité effective (mesurant les interactions causales relatives à une tâche et à des flux d'informations). Ces trois types de connectivité (que l'on devra considérer à différentes échelles d'espace et de temps) sont bien évidemment liés et leur analyse conjointe, associée à des considerations relatives à la consummation d'énergie, l'incarnation, l'ontogénèse et la phylogénèse, permet de mieux comprendre comment structures et fonctions cérébrales se contraignent mutuellement pour offrir des phénomènes fascinants à toutes ces échelles.