Analyse de voies métaboliques en programmation par contraintes - Inria - Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique Accéder directement au contenu
Rapport Année : 2004

Analyse de voies métaboliques en programmation par contraintes

Résumé

L'analyse des voies métaboliques détermine les voies caractéristiques permettant de décrire à elles seules toutes les distributions de flux possibles dans un réseau métabolique. Ces voies caractéristiques sont les rayons extrêmes d'un cône convexe représentant l'espace des flux qui vérifient les contraintes stoechiométriques du système. Diverses approches ont récemment été développées pour déterminer ces voies particulières. Cependant, leur recherche occasionne une explosion combinatoire dans le cas de systèmes biologiques réels. Pour pallier à ce problème, cette étude propose d'améliorer la formalisation du réseau métabolique. Cela permet de déterminer un ensemble minimale des voies métaboliques caractéristiques dites génériques. Ces dernières décrivent l'ensemble des comportements possibles d'un système vivant. Pour ce problème mieux formalisé, il est alors possible d'utiliser la méthode de la double description qui est plus performante que les algorithmes standards pour calculer les rayons extrêmes. || Metabolic pathways analysis determine the characteristic pathways which describes by themselves all the possible flux in a metabolic network. Those pathways correspond to the extrem rays of a convex cone which include all the flux verifying the stoichiome
Fichier non déposé

Dates et versions

inria-00100009 , version 1 (26-09-2006)

Identifiants

  • HAL Id : inria-00100009 , version 1

Citer

Abdelhalim Larhlimi. Analyse de voies métaboliques en programmation par contraintes. [Stage] A04-R-239 || larhlimi04a, 2004, 42 p. ⟨inria-00100009⟩
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