Plasma, un nouvel algorithme progressif pour l'alignement multiple de séquences - Inria - Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique Accéder directement au contenu
Communication Dans Un Congrès Année : 2005

Plasma, un nouvel algorithme progressif pour l'alignement multiple de séquences

Résumé

L'alignement multiple de séquences est un problème NP-complet important en bioinformatique. Plusieurs algorithmes existent, basés sur différentes heuristiques. Nous présentons ici Plasma, un nouvel algorithme utilisant le principe de la programmation dynamique, appliqué à des blocs de séquences. Plasma a été testé sur l'ensemble des jeux d'essais de Balibase. Les premiers résultats montrent que Plasma obtient le meilleur alignement pour plusieurs de ces jeux d'essais, mais également que les temps de calcul sont très faibles.
Fichier principal
Vignette du fichier
52.pdf (252.89 Ko) Télécharger le fichier

Dates et versions

inria-00000076 , version 1 (26-05-2005)

Identifiants

  • HAL Id : inria-00000076 , version 1

Citer

Vincent Derrien, Jean-Michel Richer, Jin-Kao Hao. Plasma, un nouvel algorithme progressif pour l'alignement multiple de séquences. Premières Journées Francophones de Programmation par Contraintes, CRIL - CNRS FRE 2499, Jun 2005, Lens, pp.39-48. ⟨inria-00000076⟩
126 Consultations
66 Téléchargements

Partager

Gmail Facebook X LinkedIn More