Plasma, un nouvel algorithme progressif pour l'alignement multiple de séquences - Inria - Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique Access content directly
Conference Papers Year : 2005

Plasma, un nouvel algorithme progressif pour l'alignement multiple de séquences

Abstract

L'alignement multiple de séquences est un problème NP-complet important en bioinformatique. Plusieurs algorithmes existent, basés sur différentes heuristiques. Nous présentons ici Plasma, un nouvel algorithme utilisant le principe de la programmation dynamique, appliqué à des blocs de séquences. Plasma a été testé sur l'ensemble des jeux d'essais de Balibase. Les premiers résultats montrent que Plasma obtient le meilleur alignement pour plusieurs de ces jeux d'essais, mais également que les temps de calcul sont très faibles.
Fichier principal
Vignette du fichier
52.pdf (252.89 Ko) Télécharger le fichier

Dates and versions

inria-00000076 , version 1 (26-05-2005)

Identifiers

  • HAL Id : inria-00000076 , version 1

Cite

Vincent Derrien, Jean-Michel Richer, Jin-Kao Hao. Plasma, un nouvel algorithme progressif pour l'alignement multiple de séquences. Premières Journées Francophones de Programmation par Contraintes, CRIL - CNRS FRE 2499, Jun 2005, Lens, pp.39-48. ⟨inria-00000076⟩
138 View
17078 Download

Share

Gmail Facebook Twitter LinkedIn More