Common and rare variant association analyses in amyotrophic lateral sclerosis identify 15 risk loci with distinct genetic architectures and neuron-specific biology - Inria - Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Nature Genetics Année : 2021

Common and rare variant association analyses in amyotrophic lateral sclerosis identify 15 risk loci with distinct genetic architectures and neuron-specific biology

Wouter van Rheenen , Rick van der Spek (1) , Mark Bakker , Joke van Vugt (2) , Paul Hop , Ramona Zwamborn (3) , Niek de Klein , Harm-Jan Westra , Olivier Bakker , Patrick Deelen , Gemma Shireby , Eilis Hannon , Matthieu Moisse (4) , Denis Baird , Restuadi Restuadi (5) , Egor Dolzhenko , Annelot Dekker , Klara Gawor , Henk-Jan Westeneng , Gijs Tazelaar , Kristel van Eijk (3) , Maarten Kooyman , Ross Byrne , Mark Doherty , Mark Heverin (6) , Ahmad Al Khleifat , Alfredo Iacoangeli , Aleksey Shatunov , Nicola Ticozzi , Johnathan Cooper-Knock , Bradley Smith , Marta Gromicho , Siddharthan Chandran , Suvankar Pal , Karen Morrison , Pamela Shaw , John Hardy , Richard Orrell , Michael Sendtner , Thomas Meyer , Nazli Başak , Anneke van der Kooi , Antonia Ratti , Isabella Fogh , Cinzia Gellera , Giuseppe Lauria , Stefania Corti , Cristina Cereda , Daisy Sproviero , Sandra d'Alfonso , Gianni Sorarù , Gabriele Siciliano , Massimiliano Filosto , Alessandro Padovani , Adriano Chiò , Andrea Calvo , Cristina Moglia , Maura Brunetti , Antonio Canosa , Antonio Canosa , Maurizio Grassano , Ettore Beghi , Elisabetta Pupillo , Giancarlo Logroscino , Beatrice Nefussy , Alma Osmanovic , Angelica Nordin , Yossef Lerner , Michal Zabari , Marc Gotkine , Robert Baloh , Shaughn Bell , Patrick Vourc'H (7, 8) , Philippe Corcia (7) , Philippe Couratier , Stéphanie Millecamps , Vincent Meininger , François Salachas , Jesus Mora Pardina , Abdelilah Assialioui , Ricardo Rojas-García , Patrick Dion , Jay Ross , Albert Ludolph , Jochen Weishaupt , David Brenner , Axel Freischmidt , Gilbert Bensimon , Alexis Brice , Alexandra Durr , Christine Payan , Safa Saker-Delye , Nicholas Wood , Simon Topp , Rosa Rademakers , Lukas Tittmann , Wolfgang Lieb , Andre Franke , Stephan Ripke , Alice Braun , Julia Kraft , David Whiteman , Catherine Olsen , Andre Uitterlinden , Albert Hofman , Marcella Rietschel , Sven Cichon , Markus Nöthen , Philippe Amouyel , Bryan Traynor , Andrew Singleton , Miguel Mitne Neto , Ruben Cauchi , Roel Ophoff , Martina Wiedau-Pazos , Catherine Lomen-Hoerth , Vivianna van Deerlin , Julian Grosskreutz , Annekathrin Roediger , Nayana Gaur , Alexander Jörk , Tabea Barthel , Erik Theele , Benjamin Ilse , Beatrice Stubendorff , Otto Witte , Robert Steinbach , Christian Hübner , Caroline Graff , Lev Brylev , Vera Fominykh , Vera Demeshonok , Anastasia Ataulina , Boris Rogelj , Blaž Koritnik , Janez Zidar , Metka Ravnik-Glavač , Damjan Glavač , Zorica Stević , Vivian Drory , Monica Povedano , Ian Blair , Matthew Kiernan , Beben Benyamin , Robert Henderson , Sarah Furlong , Susan Mathers , Pamela Mccombe , Merrilee Needham , Shyuan Ngo , Garth Nicholson , Roger Pamphlett , Dominic Rowe , Frederik Steyn , Kelly Williams , Karen Mather , Perminder Sachdev , Anjali Henders , Leanne Wallace , Mamede de Carvalho , Susana Pinto , Susanne Petri , Markus Weber , Guy Rouleau , Vincenzo Silani , Charles Curtis , Gerome Breen , Jonathan Glass , Robert Brown , John Landers , Christopher Shaw , Peter Andersen , Ewout Groen , Michael van Es , R Jeroen Pasterkamp , Dongsheng Fan , Fleur Garton , Allan Mcrae , George Davey Smith , Tom Gaunt , Michael Eberle , Jonathan Mill , Russell Mclaughlin , Orla Hardiman , Kevin Kenna , Naomi Wray , Ellen Tsai , Heiko Runz , Lude Franke , Ammar Al-Chalabi , Philip van Damme , Leonard van den Berg , Jan Veldink , Sandra D’alfonso , Patrick Vourc’h , Giancarlo Comi , Nilo Riva , Christian Lunetta , Francesca Gerardi , Maria Sofia Cotelli , Fabrizio Rinaldi , Luca Chiveri , Maria Cristina Guaita , Patrizia Perrone , Mauro Ceroni , Luca Diamanti , Carlo Ferrarese , Lucio Tremolizzo , Maria Luisa Delodovici , Giorgio Bono , Umberto Manera , Rosario Vasta , Alessandro Bombaci , Federico Casale , Giuseppe Fuda , Paolina Salamone , Barbara Iazzolino , Laura Peotta , Paolo Cugnasco , Giovanni de Marco , Maria Claudia Torrieri , Francesca Palumbo , Salvatore Gallone , Marco Barberis , Luca Sbaiz , Salvatore Gentile , Alessandro Mauro , Letizia Mazzini , Fabiola de Marchi , Lucia Corrado , Sandra D’alfonso , Antonio Bertolotto , Maurizio Gionco , Daniela Leotta , Enrico Odddenino , Daniele Imperiale , Roberto Cavallo , Pietro Pignatta , Marco de Mattei , Claudio Geda , Diego Maria Papurello , Graziano Gusmaroli , Cristoforo Comi , Carmelo Labate , Luigi Ruiz , Delfina Ferrandi , Eugenia Rota , Marco Aguggia , Nicoletta Di Vito , Piero Meineri , Paolo Ghiglione , Nicola Launaro , Michele Dotta , Alessia Di Sapio , Guido Giardini , Cinzia Tiloca , Silvia Peverelli , Franco Taroni , Viviana Pensato , Barbara Castellotti , Giacomo Comi , Roberto del Bo , Mauro Ceroni , Stella Gagliardi , Lucia Corrado , Letizia Mazzini , Flavia Raggi , Costanza Simoncini , Annalisa Lo Gerfo , Maurizio Inghilleri , Alessandra Ferlini , Isabella Simone , Bruno Passarella , Vito Guerra , Stefano Zoccolella , Cecilia Nozzoli , Ciro Mundi , Maurizio Leone , Michele Zarrelli , Filippo Tamma , Francesco Valluzzi , Gianluigi Calabrese , Giovanni Boero , Augusto Rini , R. Jeroen Pasterkamp
Wouter van Rheenen
Mark Bakker
Paul Hop
  • Fonction : Auteur
Niek de Klein
Harm-Jan Westra
Olivier Bakker
  • Fonction : Auteur
Patrick Deelen
Gemma Shireby
  • Fonction : Auteur
Eilis Hannon
Denis Baird
  • Fonction : Auteur
Egor Dolzhenko
  • Fonction : Auteur
Annelot Dekker
  • Fonction : Auteur
Klara Gawor
Henk-Jan Westeneng
  • Fonction : Auteur
Gijs Tazelaar
  • Fonction : Auteur
Maarten Kooyman
Ross Byrne
Mark Doherty
  • Fonction : Auteur
Ahmad Al Khleifat
Alfredo Iacoangeli
  • Fonction : Auteur
Aleksey Shatunov
  • Fonction : Auteur
Nicola Ticozzi
Johnathan Cooper-Knock
  • Fonction : Auteur
Bradley Smith
  • Fonction : Auteur
Marta Gromicho
Siddharthan Chandran
  • Fonction : Auteur
Suvankar Pal
  • Fonction : Auteur
Karen Morrison
Pamela Shaw
  • Fonction : Auteur
John Hardy
  • Fonction : Auteur
Richard Orrell
  • Fonction : Auteur
Michael Sendtner
  • Fonction : Auteur
Thomas Meyer
Nazli Başak
  • Fonction : Auteur
Anneke van der Kooi
  • Fonction : Auteur
Antonia Ratti
  • Fonction : Auteur
Isabella Fogh
  • Fonction : Auteur
Cinzia Gellera
  • Fonction : Auteur
Giuseppe Lauria
  • Fonction : Auteur
Stefania Corti
  • Fonction : Auteur
Cristina Cereda
Daisy Sproviero
  • Fonction : Auteur
Sandra d'Alfonso
  • Fonction : Auteur
Gianni Sorarù
  • Fonction : Auteur
Gabriele Siciliano
  • Fonction : Auteur
Massimiliano Filosto
  • Fonction : Auteur
Alessandro Padovani
  • Fonction : Auteur
Adriano Chiò
  • Fonction : Auteur
Andrea Calvo
Cristina Moglia
  • Fonction : Auteur
Maura Brunetti
  • Fonction : Auteur
Antonio Canosa
Antonio Canosa
  • Fonction : Auteur
Maurizio Grassano
  • Fonction : Auteur
Ettore Beghi
  • Fonction : Auteur
Elisabetta Pupillo
  • Fonction : Auteur
Giancarlo Logroscino
  • Fonction : Auteur
Beatrice Nefussy
  • Fonction : Auteur
Alma Osmanovic
  • Fonction : Auteur
Angelica Nordin
Yossef Lerner
  • Fonction : Auteur
Michal Zabari
  • Fonction : Auteur
Marc Gotkine
Robert Baloh
  • Fonction : Auteur
Shaughn Bell
  • Fonction : Auteur
Philippe Couratier
  • Fonction : Auteur
Stéphanie Millecamps
  • Fonction : Auteur
Vincent Meininger
  • Fonction : Auteur
François Salachas
  • Fonction : Auteur
Jesus Mora Pardina
  • Fonction : Auteur
Abdelilah Assialioui
  • Fonction : Auteur
Ricardo Rojas-García
Patrick Dion
  • Fonction : Auteur
Jay Ross
Albert Ludolph
  • Fonction : Auteur
Jochen Weishaupt
  • Fonction : Auteur
David Brenner
  • Fonction : Auteur
Axel Freischmidt
  • Fonction : Auteur
Gilbert Bensimon
  • Fonction : Auteur
Alexis Brice
  • Fonction : Auteur
Alexandra Durr
  • Fonction : Auteur
Christine Payan
  • Fonction : Auteur
Safa Saker-Delye
  • Fonction : Auteur
Nicholas Wood
Simon Topp
Rosa Rademakers
  • Fonction : Auteur
Lukas Tittmann
  • Fonction : Auteur
Wolfgang Lieb
Andre Franke
Stephan Ripke
  • Fonction : Auteur
Alice Braun
Julia Kraft
David Whiteman
Catherine Olsen
Andre Uitterlinden
Albert Hofman
  • Fonction : Auteur
Marcella Rietschel
Sven Cichon
  • Fonction : Auteur
Markus Nöthen
Philippe Amouyel
Bryan Traynor
  • Fonction : Auteur
Andrew Singleton
  • Fonction : Auteur
Miguel Mitne Neto
  • Fonction : Auteur
Ruben Cauchi
Roel Ophoff
  • Fonction : Auteur
Martina Wiedau-Pazos
  • Fonction : Auteur
Catherine Lomen-Hoerth
  • Fonction : Auteur
Vivianna van Deerlin
Julian Grosskreutz
Annekathrin Roediger
  • Fonction : Auteur
Nayana Gaur
  • Fonction : Auteur
Alexander Jörk
  • Fonction : Auteur
Tabea Barthel
  • Fonction : Auteur
Erik Theele
  • Fonction : Auteur
Benjamin Ilse
  • Fonction : Auteur
Beatrice Stubendorff
  • Fonction : Auteur
Otto Witte
  • Fonction : Auteur
Robert Steinbach
Christian Hübner
  • Fonction : Auteur
Caroline Graff
  • Fonction : Auteur
Lev Brylev
  • Fonction : Auteur
Vera Fominykh
Vera Demeshonok
  • Fonction : Auteur
Anastasia Ataulina
  • Fonction : Auteur
Boris Rogelj
Blaž Koritnik
Janez Zidar
  • Fonction : Auteur
Metka Ravnik-Glavač
  • Fonction : Auteur
Damjan Glavač
  • Fonction : Auteur
Zorica Stević
  • Fonction : Auteur
Vivian Drory
  • Fonction : Auteur
Monica Povedano
  • Fonction : Auteur
Ian Blair
  • Fonction : Auteur
Matthew Kiernan
  • Fonction : Auteur
Beben Benyamin
  • Fonction : Auteur
Robert Henderson
  • Fonction : Auteur
Sarah Furlong
  • Fonction : Auteur
Susan Mathers
Pamela Mccombe
  • Fonction : Auteur
Merrilee Needham
  • Fonction : Auteur
Shyuan Ngo
Garth Nicholson
  • Fonction : Auteur
Roger Pamphlett
Dominic Rowe
Frederik Steyn
  • Fonction : Auteur
Kelly Williams
Karen Mather
Perminder Sachdev
Anjali Henders
  • Fonction : Auteur
Leanne Wallace
  • Fonction : Auteur
Mamede de Carvalho
  • Fonction : Auteur
Susana Pinto
  • Fonction : Auteur
Susanne Petri
  • Fonction : Auteur
Markus Weber
  • Fonction : Auteur
Guy Rouleau
Vincenzo Silani
Charles Curtis
  • Fonction : Auteur
Gerome Breen
Jonathan Glass
Robert Brown
John Landers
Christopher Shaw
  • Fonction : Auteur
Peter Andersen
Ewout Groen
Michael van Es
R Jeroen Pasterkamp
  • Fonction : Auteur
Dongsheng Fan
  • Fonction : Auteur
Fleur Garton
  • Fonction : Auteur
Allan Mcrae
  • Fonction : Auteur
George Davey Smith
Tom Gaunt
Michael Eberle
Jonathan Mill
Russell Mclaughlin
Orla Hardiman
  • Fonction : Auteur
Kevin Kenna
  • Fonction : Auteur
Naomi Wray
Ellen Tsai
Heiko Runz
  • Fonction : Auteur
Lude Franke
Ammar Al-Chalabi
Philip van Damme
Leonard van den Berg
  • Fonction : Auteur
Jan Veldink
Sandra D’alfonso
  • Fonction : Auteur
Patrick Vourc’h
Giancarlo Comi
  • Fonction : Auteur
Nilo Riva
  • Fonction : Auteur
Christian Lunetta
  • Fonction : Auteur
Francesca Gerardi
  • Fonction : Auteur
Maria Sofia Cotelli
  • Fonction : Auteur
Fabrizio Rinaldi
  • Fonction : Auteur
Luca Chiveri
  • Fonction : Auteur
Maria Cristina Guaita
  • Fonction : Auteur
Patrizia Perrone
  • Fonction : Auteur
Mauro Ceroni
  • Fonction : Auteur
Luca Diamanti
  • Fonction : Auteur
Carlo Ferrarese
  • Fonction : Auteur
Lucio Tremolizzo
  • Fonction : Auteur
Maria Luisa Delodovici
  • Fonction : Auteur
Giorgio Bono
  • Fonction : Auteur
Umberto Manera
  • Fonction : Auteur
Rosario Vasta
  • Fonction : Auteur
Alessandro Bombaci
  • Fonction : Auteur
Federico Casale
  • Fonction : Auteur
Giuseppe Fuda
  • Fonction : Auteur
Paolina Salamone
  • Fonction : Auteur
Barbara Iazzolino
  • Fonction : Auteur
Laura Peotta
  • Fonction : Auteur
Paolo Cugnasco
  • Fonction : Auteur
Giovanni de Marco
  • Fonction : Auteur
Maria Claudia Torrieri
  • Fonction : Auteur
Francesca Palumbo
  • Fonction : Auteur
Salvatore Gallone
  • Fonction : Auteur
Marco Barberis
  • Fonction : Auteur
Luca Sbaiz
  • Fonction : Auteur
Salvatore Gentile
  • Fonction : Auteur
Alessandro Mauro
  • Fonction : Auteur
Letizia Mazzini
  • Fonction : Auteur
Fabiola de Marchi
  • Fonction : Auteur
Lucia Corrado
  • Fonction : Auteur
Sandra D’alfonso
  • Fonction : Auteur
Antonio Bertolotto
  • Fonction : Auteur
Maurizio Gionco
  • Fonction : Auteur
Daniela Leotta
  • Fonction : Auteur
Enrico Odddenino
  • Fonction : Auteur
Daniele Imperiale
  • Fonction : Auteur
Roberto Cavallo
  • Fonction : Auteur
Pietro Pignatta
  • Fonction : Auteur
Marco de Mattei
  • Fonction : Auteur
Claudio Geda
  • Fonction : Auteur
Diego Maria Papurello
  • Fonction : Auteur
Graziano Gusmaroli
  • Fonction : Auteur
Cristoforo Comi
  • Fonction : Auteur
Carmelo Labate
  • Fonction : Auteur
Luigi Ruiz
  • Fonction : Auteur
Delfina Ferrandi
  • Fonction : Auteur
Eugenia Rota
  • Fonction : Auteur
Marco Aguggia
  • Fonction : Auteur
Nicoletta Di Vito
  • Fonction : Auteur
Piero Meineri
  • Fonction : Auteur
Paolo Ghiglione
  • Fonction : Auteur
Nicola Launaro
  • Fonction : Auteur
Michele Dotta
  • Fonction : Auteur
Alessia Di Sapio
  • Fonction : Auteur
Guido Giardini
  • Fonction : Auteur
Cinzia Tiloca
  • Fonction : Auteur
Silvia Peverelli
  • Fonction : Auteur
Franco Taroni
  • Fonction : Auteur
Viviana Pensato
  • Fonction : Auteur
Barbara Castellotti
  • Fonction : Auteur
Giacomo Comi
  • Fonction : Auteur
Roberto del Bo
  • Fonction : Auteur
Mauro Ceroni
  • Fonction : Auteur
Stella Gagliardi
  • Fonction : Auteur
Lucia Corrado
  • Fonction : Auteur
Letizia Mazzini
  • Fonction : Auteur
Flavia Raggi
  • Fonction : Auteur
Costanza Simoncini
  • Fonction : Auteur
Annalisa Lo Gerfo
  • Fonction : Auteur
Maurizio Inghilleri
  • Fonction : Auteur
Alessandra Ferlini
  • Fonction : Auteur
Isabella Simone
  • Fonction : Auteur
Bruno Passarella
  • Fonction : Auteur
Vito Guerra
  • Fonction : Auteur
Stefano Zoccolella
  • Fonction : Auteur
Cecilia Nozzoli
  • Fonction : Auteur
Ciro Mundi
  • Fonction : Auteur
Maurizio Leone
  • Fonction : Auteur
Michele Zarrelli
  • Fonction : Auteur
Filippo Tamma
  • Fonction : Auteur
Francesco Valluzzi
  • Fonction : Auteur
Gianluigi Calabrese
  • Fonction : Auteur
Giovanni Boero
  • Fonction : Auteur
Augusto Rini
  • Fonction : Auteur
R. Jeroen Pasterkamp

Résumé

Abstract Amyotrophic lateral sclerosis (ALS) is a fatal neurodegenerative disease with a lifetime risk of one in 350 people and an unmet need for disease-modifying therapies. We conducted a cross-ancestry genome-wide association study (GWAS) including 29,612 patients with ALS and 122,656 controls, which identified 15 risk loci. When combined with 8,953 individuals with whole-genome sequencing (6,538 patients, 2,415 controls) and a large cortex-derived expression quantitative trait locus (eQTL) dataset (MetaBrain), analyses revealed locus-specific genetic architectures in which we prioritized genes either through rare variants, short tandem repeats or regulatory effects. ALS-associated risk loci were shared with multiple traits within the neurodegenerative spectrum but with distinct enrichment patterns across brain regions and cell types. Of the environmental and lifestyle risk factors obtained from the literature, Mendelian randomization analyses indicated a causal role for high cholesterol levels. The combination of all ALS-associated signals reveals a role for perturbations in vesicle-mediated transport and autophagy and provides evidence for cell-autonomous disease initiation in glutamatergic neurons.
Fichier principal
Vignette du fichier
s41588-021-00973-1.pdf (9.39 Mo) Télécharger le fichier
Origine : Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte

Dates et versions

hal-03939733 , version 1 (11-04-2024)

Identifiants

Citer

Wouter van Rheenen, Rick van der Spek, Mark Bakker, Joke van Vugt, Paul Hop, et al.. Common and rare variant association analyses in amyotrophic lateral sclerosis identify 15 risk loci with distinct genetic architectures and neuron-specific biology. Nature Genetics, 2021, 53 (12), pp.1636-1648. ⟨10.1038/s41588-021-00973-1⟩. ⟨hal-03939733⟩

Collections

UNIV-TOURS IBRAIN
6 Consultations
0 Téléchargements

Altmetric

Partager

Gmail Facebook X LinkedIn More