Disentangling heterogeneity of Malignant Pleural Mesothelioma through deep integrative omics analyses
Lise Mangiante
(1)
,
Nicolas Alcala
,
Alex Di Genova
,
Alexandra Sexton-Oates
,
Abel Gonzalez-Perez
,
Azhar Khandekar
,
Erik N Bergstrom
,
Jaehee Kim
,
Colin Giacobi
,
Nolwenn Le Stang
,
Sandrine Boyault
,
Cyrille Cuenin
,
Severine Tabone-Eglinger
,
Francesca Damiola
,
Catherine Voegele
,
Maude Ardin
,
Marie-Cecile Michallet
,
Lorraine Soudade
,
Tiffany M Delhomme
,
Arnaud Poret
,
Marie Brevet
,
Marie-Christine Copin
,
Sophie Giusiano-Courcambeck
,
Diane Damotte
,
Cecile Girard
,
Veronique Hofman
,
Paul Hofman
,
Jérôme Mouroux
,
Stephanie Lacomme
,
Julien Mazieres
,
Vincent Thomas de Montpreville
,
Corinne Perrin
,
Gaetane Planchard
,
Isabelle Rouquette
,
Christine Sagan
,
Arnaud Scherpereel
,
Francoise Thivolet
,
Jean-Michel Vignaud
,
Didier Jean
,
Anabelle Gilg Soit Ilg
,
Robert Olaso
,
Vincent Meyer
,
Anne Boland
,
Jean-Francois Deleuze
,
Janine Altmuller
,
Peter Nuernberg
,
Sylvie Lantuejoul
,
Akram Ghantous
,
Charles Maussion
,
Pierre Courtiol
,
Hector Hernandez-Vargas
,
Christophe Caux
,
Nicolas Girard
(2)
,
Nuria Lopez-Bigas
,
Ludmil B Alexandrov
,
Françoise Galateau Salle
,
Matthieu Foll
,
Lynnette Fernandez-Cuesta
Lise Mangiante
- Fonction : Auteur
- PersonId : 797840
- ORCID : 0000-0001-8309-0950
Nicolas Alcala
- Fonction : Auteur
- PersonId : 778162
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Alex Di Genova
- Fonction : Auteur
- PersonId : 808436
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Alexandra Sexton-Oates
- Fonction : Auteur
- PersonId : 817233
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Abel Gonzalez-Perez
- Fonction : Auteur
Azhar Khandekar
- Fonction : Auteur
Erik N Bergstrom
- Fonction : Auteur
Jaehee Kim
- Fonction : Auteur
- PersonId : 817234
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Colin Giacobi
- Fonction : Auteur
Nolwenn Le Stang
- Fonction : Auteur
Sandrine Boyault
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757688
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Cyrille Cuenin
- Fonction : Auteur
Severine Tabone-Eglinger
- Fonction : Auteur
Francesca Damiola
- Fonction : Auteur
Catherine Voegele
- Fonction : Auteur
- PersonId : 771118
- IdRef : 193031205
Maude Ardin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 784117
- IdRef : 199292167
Marie-Cecile Michallet
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1012560
- IdHAL : mcmichallet
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Lorraine Soudade
- Fonction : Auteur
Tiffany M Delhomme
- Fonction : Auteur
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Arnaud Poret
- Fonction : Auteur
Marie Brevet
- Fonction : Auteur
Marie-Christine Copin
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : marie-christine-copin
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Sophie Giusiano-Courcambeck
- Fonction : Auteur
Diane Damotte
- Fonction : Auteur
Cecile Girard
- Fonction : Auteur
Veronique Hofman
- Fonction : Auteur
Paul Hofman
- Fonction : Auteur
- PersonId : 760269
- ORCID : 0000-0003-0431-9353
- IdRef : 061092630
Jérôme Mouroux
- Fonction : Auteur
Stephanie Lacomme
- Fonction : Auteur
Julien Mazieres
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1033301
- ORCID : 0000-0002-5921-7613
Vincent Thomas de Montpreville
- Fonction : Auteur
Corinne Perrin
- Fonction : Auteur
Gaetane Planchard
- Fonction : Auteur
Isabelle Rouquette
- Fonction : Auteur
Christine Sagan
- Fonction : Auteur
Arnaud Scherpereel
- Fonction : Auteur
Francoise Thivolet
- Fonction : Auteur
Jean-Michel Vignaud
- Fonction : Auteur
Didier Jean
- Fonction : Auteur
- PersonId : 182946
- IdHAL : didier-jean
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Anabelle Gilg Soit Ilg
- Fonction : Auteur
Robert Olaso
- Fonction : Auteur
- PersonId : 774936
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Vincent Meyer
- Fonction : Auteur
Anne Boland
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757786
- ORCID : 0000-0001-8789-5676
Jean-Francois Deleuze
- Fonction : Auteur
Janine Altmuller
- Fonction : Auteur
Peter Nuernberg
- Fonction : Auteur
Sylvie Lantuejoul
- Fonction : Auteur
- PersonId : 758652
- ORCID : 0000-0003-4310-6975
- IdRef : 119835401
Akram Ghantous
- Fonction : Auteur
Charles Maussion
- Fonction : Auteur
Pierre Courtiol
- Fonction : Auteur
Hector Hernandez-Vargas
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : hernandez-vargas-h
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Christophe Caux
- Fonction : Auteur
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Nicolas Girard
- Fonction : Auteur
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Nuria Lopez-Bigas
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805305
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Ludmil B Alexandrov
- Fonction : Auteur
- PersonId : 791796
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Françoise Galateau Salle
- Fonction : Auteur
- PersonId : 817236
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Matthieu Foll
- Fonction : Auteur
- PersonId : 762147
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Lynnette Fernandez-Cuesta
- Fonction : Auteur
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Résumé
Summary Malignant Pleural Mesothelioma (MPM) is an aggressive cancer with rising incidence and challenging clinical management. Using the largest series of whole-genome sequencing data integrated with transcriptomic and epigenomic data using multi-omic factor analysis, we demonstrate that MPM heterogeneity arises from four sources of variation: tumor cell morphology, ploidy, adaptive immune response, and CpG island methylator phenotype. Previous genomic studies focused on describing only the tumor cell morphology factor, although we robustly find the three other sources in all publicly available cohorts. We prove how these sources of variation explain the biological functions performed by the cancer cells, and how genomic events shape MPM molecular profiles. We show how these new sources of variation help understand the heterogeneity of the clinical behavior of MPM and drug responses measured in cell lines. These findings unearth the interplay between MPM functional biology and its genomic history, and ultimately, inform classification, prognostication and treatment. Graphical abstract
Domaines
Cancer
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)