Disentangling heterogeneity of Malignant Pleural Mesothelioma through deep integrative omics analyses - Inria - Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique Accéder directement au contenu
Pré-Publication, Document De Travail Année : 2021

Disentangling heterogeneity of Malignant Pleural Mesothelioma through deep integrative omics analyses

Nicolas Alcala
Alex Di Genova
Alexandra Sexton-Oates
Abel Gonzalez-Perez
  • Fonction : Auteur
Azhar Khandekar
  • Fonction : Auteur
Erik N Bergstrom
  • Fonction : Auteur
Jaehee Kim
Colin Giacobi
  • Fonction : Auteur
Nolwenn Le Stang
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Sandrine Boyault
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 757688
  • IdRef : 075706466
Cyrille Cuenin
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Severine Tabone-Eglinger
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Francesca Damiola
  • Fonction : Auteur
Catherine Voegele
  • Fonction : Auteur
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  • IdRef : 193031205
Maude Ardin
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 784117
  • IdRef : 199292167
Marie-Cecile Michallet
Lorraine Soudade
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Tiffany M Delhomme
Arnaud Poret
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Marie Brevet
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Marie-Christine Copin
Sophie Giusiano-Courcambeck
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Diane Damotte
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Cecile Girard
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Veronique Hofman
  • Fonction : Auteur
Paul Hofman
Jérôme Mouroux
  • Fonction : Auteur
Stephanie Lacomme
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Julien Mazieres
Vincent Thomas de Montpreville
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Corinne Perrin
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Gaetane Planchard
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Isabelle Rouquette
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Christine Sagan
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Arnaud Scherpereel
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Francoise Thivolet
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Jean-Michel Vignaud
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Didier Jean
Anabelle Gilg Soit Ilg
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Robert Olaso
Vincent Meyer
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Anne Boland
Jean-Francois Deleuze
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Janine Altmuller
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Peter Nuernberg
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Sylvie Lantuejoul
Akram Ghantous
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Charles Maussion
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Pierre Courtiol
  • Fonction : Auteur
Hector Hernandez-Vargas
Christophe Caux
Nuria Lopez-Bigas
Ludmil B Alexandrov
Françoise Galateau Salle
Matthieu Foll
Lynnette Fernandez-Cuesta

Résumé

Summary Malignant Pleural Mesothelioma (MPM) is an aggressive cancer with rising incidence and challenging clinical management. Using the largest series of whole-genome sequencing data integrated with transcriptomic and epigenomic data using multi-omic factor analysis, we demonstrate that MPM heterogeneity arises from four sources of variation: tumor cell morphology, ploidy, adaptive immune response, and CpG island methylator phenotype. Previous genomic studies focused on describing only the tumor cell morphology factor, although we robustly find the three other sources in all publicly available cohorts. We prove how these sources of variation explain the biological functions performed by the cancer cells, and how genomic events shape MPM molecular profiles. We show how these new sources of variation help understand the heterogeneity of the clinical behavior of MPM and drug responses measured in cell lines. These findings unearth the interplay between MPM functional biology and its genomic history, and ultimately, inform classification, prognostication and treatment. Graphical abstract

Domaines

Cancer
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Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Dates et versions

hal-03461197 , version 1 (01-12-2021)

Identifiants

Citer

Lise Mangiante, Nicolas Alcala, Alex Di Genova, Alexandra Sexton-Oates, Abel Gonzalez-Perez, et al.. Disentangling heterogeneity of Malignant Pleural Mesothelioma through deep integrative omics analyses. 2021. ⟨hal-03461197⟩
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